export('summarizeRanges', 'aggregateRanges') import('GenomicRanges') importFrom('GenomicFeatures', 'genes') importFrom('TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene', 'TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene') importFrom('ggplot2', 'ggplot', 'geom_bar', 'geom_boxplot', 'geom_point', 'geom_tile', 'xlab', 'ylab', 'labs', 'facet_wrap', 'coord_cartesian', 'theme') importFrom('BiocManager', 'install') importFrom('rmarkdown', 'render') importFrom('AnnotationDbi', 'columns') importFrom('GenomeInfoDb', 'Seqinfo', 'genome') importFrom('entropy', 'mi.plugin', 'entropy.plugin') importFrom('jsonlite', 'fromJSON', 'toJSON') importFrom('S4Vectors', 'Rle', 'runValue', 'DataFrame', 'queryHits', 'subjectHits') importFrom('graphics', 'boxplot') importFrom('stats', 'chisq.test', 'cor.test', 'fisher.test', 'kruskal.test', 'lm', 'quantile', 'sd', 'wilcox.test') importFrom('utils', 'combn') importFrom('methods', 'is') importFrom('magrittr', '%>%')