@@ -247,6 +247,7 @@ getMotifs <-

         if (database == 'ATtRACT') {

             # Get motifs from attract data base (it contains motifs for 159 human RBPs)

             rbpMotifsFromDB <- .getRBPmotifsAttract(species)

+            

         } else if (database == 'MEME') {

             # Get MEME motifs (it contains motifs for 80 human RBPs)

             rbpMotifsFromDB <- .getRBPmotifsMEME(memeIndexFilePath)

@@ -278,6 +279,11 @@ getMotifs <-

                     .getReverseAttractRBPmotifs(rbpMotifsFromDB)

             } else if (nrow(rbpMotifsFromDB) > 0) {

                 rbpMotifsFromDBnew <- getReverseMotifs(rbpMotifsFromDB)

+            } else if (nrow(rbpMotifsFromDB) == 0){

+              

+              rbpMotifsFromDBnew <- rbpMotifsFromDB

+              cat("No motifs were retrieved from the database. Please check the connection to",

+                  database, "database")

             }