2个百万行级别的表，如何在mysql中比对

在mysql中，有a、b两表，字段相同，但内容有差异，且两表都达200万行之多，通过下列命令,：

select a.id from a left join b on a.id=b.id where b.id is null;

比对a表有id、b表没有时，运行几分钟后报"lost connection during query"，也按度娘的各种建议做过优化，还是无解，求大师指点。