R语言：MetaboAnalystR包的下载（使用GitHub获取r包；适用于R 4.3.3）

1.#首先安装Bioconductor管理包，便于安装后续依赖包

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))

install.packages("BiocManager")

2.安装易报错的依赖包

bioc_deps <- c(

  "RBGL", "BiocParallel", "edgeR", "fgsea",

  "impute", "pcaMethods", "MSnbase", "siggenes"

)

BiocManager::install(bioc_deps, ask = FALSE, update = FALSE)

#后续如果有类似的报错处理方法相同：

dependencies 'RBGL', 'BiocParallel', 'edgeR', 'fgsea',
 'impute', 'pcaMethods', 'MSnbase', 'siggenes' 
are not available for package 'MetaboAnalystR' * removing 
'D:/lujing/zilujing/MetaboAnalystR'

3.使用”remotes”包安装稳定版（v3.3.0  release）

if (!requireNamespace("remotes", quietly = TRUE))

    install.packages("remotes")

remotes::install_github(

  "xia-lab/MetaboAnalystR",

  ref = "v3.3.0",          # ← 关键：锁定稳定 tag

  build = TRUE,

  build_vignettes = FALSE,

  dependencies = TRUE   #会自动补缺失的 Bioconductor 依赖

)

首次使用GitHub下载R包的注意：

1.需要安装 Git 软件（devtool可以跳过下载，但如果长期使用githb安装R包最好安装，本例也需要安装）

根据你的操作系统选择对应的安装方法：

 Windows 系统：

- 访问 Git 官网：https://git-scm.com/download/win - 下载并安装 Git（默认选项即可） - 安装完成后重启 RStudio

 macOS 系统：

- 方法1：使用 Homebrew 安装（推荐）

brew install git

- 方法2：直接下载安装包 访问 https://git-scm.com/download/mac 下载并安装

 Linux 系统（Ubuntu/Debian）：

sudo apt-get update sudo apt-get install git

验证 Git 安装

安装完成后，在 RStudio 的终端（Terminal）中或cmd（win+R -->cmd--> enter）输入运行：

 ```
git version
 ``` 

如果显示类似 `git version 2.x.x` 的信息，说明安装成

 首次使用 gitcreds 包

GitHub匿名下载会限制（每小时60次），可以建立在GitHub官网建立token：右侧选项卡找到settings-->developer settings-->Personal access tokens (classic)-->打勾workflow; write:packages;delete:packages;gist;user-->generate token后复制PAT

install.packages("gitcreds")

 把 token 存进系统的 git credential store

gitcreds::gitcreds_set()

根据提示粘贴复制的token