R语言——R包的管理＆初次使用时的配置

项目

查看方式

修改方式

工作路径

`getwd()`

`setwd("路径")` 或 RStudio 菜单：Session > Set Working Directory

包下载位置

`.libPaths()` 查看包路径

`.libPaths("新路径")` 或修改 `.Renviron`

镜像设置

`chooseCRANmirror()` 或

RStudio 菜单：Tools > Global Options > Packages

永久设置：`options(repos = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))`

工作路径

`getwd()`

`setwd("路径")`；或 RStudio：Session ► Set Working Directory

临时数据目录

`tempdir()`

临时会话：Sys.setenv(TEMP = "D:/R_tmp")   

永久：在 `.Renviron` 写 `TEMP=D:/R_tmp`

AppData（用户级包库）

`.libPaths()` 或 `Sys.getenv("LOCALAPPDATA")`

临时：.libPaths("D:/R_Packages")；

永久：在 `.Renviron` 写 `R_LIBS_USER=D:/R_Packages`

Path（系统可执行文件搜索路径）

`Sys.getenv("PATH")`手动安装rtools时需要设置path让R找到。

临时会话： `Sys.setenv(PATH=paste("D:/Rtools/bin", Sys.getenv("PATH"), sep=";"))`；

系统级永久：Win + S → 搜索「环境变量」→ 编辑系统 Path → 添加/删除目录

注意事项

问题

解决方案

R版本管理（避免版本冲突）

不同项目可能需要不同R版本。

使用 [rig](https://github.com/r-lib/rig)（R Installation Manager）管理多版本R。或Windows用 [Rswitch](https://cran.r-project.org/bin/macosx/Rswitch/)，macOS用 `rig`。

R包版本管理（避免包冲突）

不同项目依赖不同版本的包。

使用 `renv`（官方推荐）：install.packages("renv")
renv::init() 初始化项目环境
renv::snapshot() 保存当前包状态
renv::restore() 恢复包状态替代方案：`packrat`（已过时）。

避免中文路径问题

Windows下中文路径会导致R包安装失败或乱码。

所有路径（工作目录、包路径、缓存路径）避免中文和空格。示例：setwd("C:/Users/yourname/Documents/R_Projects")

.Rprofile和.Renviron配置

作用：永久设置常用选项（如镜像、库路径）。

文件位置：Windows: `C:/Users/用户名/Documents/.Rprofile`；macOS/Linux: `~/.Rprofile`。示例 `.Rprofile`：自动设置镜像
options(repos = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

加载常用包
if (interactive()) {
suppressMessages(require(dplyr))
}示例 `.Renviron`：R_LIBS_USER=D:/R_Packages

RStudio全局设置

路径：Tools > Global Options

关键设置：Packages：设置CRAN镜像。General：取消 “Restore .RData” 和 “Save .RData”（避免冲突）。Code：勾选 “Soft-wrap R source files”（长代码自动换行方便查看）。

报错

原因

解决方案

`there is no package called 'xxx'`

未安装包

`install.packages("xxx")`

`non-zero exit status`

编译失败（缺少系统库）

Windows 安装 [Rtools](https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/)，macOS 安装 Xcode Command Line Tools

`permission denied`

无权限写入路径

以管理员身份运行 RStudio 或修改 `.libPaths()`

操作类型

操作内容

备份

定期备份 `.Rprofile`、`.Renviron` 和项目文件夹；用 `renv::snapshot()` 保存包状态

恢复

新电脑直接 `renv::restore()` 还原环境

资料名称

链接

R 安装指南

R Installation and Administration

RStudio 官方文档

https://support.posit.co/hc/en-us

步骤

操作说明

① 卸载程序

“设置”→“应用”→“已安装应用” → 卸载 R 和 RStudio

② 删除安装目录

手动删除：
`C:\Program Files\R\`（64 位）
`C:\Program Files (x86)\R\`（32 位）

③ 清除用户数据

删除以下文件夹（如有）：
`C:\Users\<用户名>\Documents\R\`
`C:\Users\<用户名>\AppData\Local\R\`
`C:\Users\<用户名>\AppData\Local\RStudio\`
`C:\Users\<用户名>\AppData\Roaming\R\`
`C:\Users\<用户名>\AppData\Roaming\RStudio\`

④ 清除注册表

Win+R → `regedit`
删除：
`HKEY_CURRENT_USER\Software\R-core\`
`HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\R-core\`
`HKEY_CURRENT_USER\Software\RStudio\`
`HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\RStudio\`

⑤ 清理环境变量

系统属性 → 高级 → 环境变量
删除与 R、Rtools、RStudio 相关的 `PATH`、`R_HOME`、`R_LIBS_USER` 等条目

⑥ 重启电脑

确保注册表/环境变量生效

步骤

操作说明

① 删除 R 框架

`sudo rm -rf /Library/Frameworks/R.framework`

② 删除 RStudio

把 RStudio.app 拖到废纸篓，或：
`sudo rm -rf /Applications/RStudio.app`

③ 清除用户数据

删除以下目录：
`~/Library/R/`
`~/Library/Caches/org.R-project.R/`
`~/Library/Application Support/RStudio/`
`~/Library/Preferences/com.rstudio.`
`~/Library/Preferences/org.R-project.`

④ 清理 PATH

打开 `~/.zshrc` 或 `~/.bash_profile`，删除含 `R_HOME`、`R_LIBS_USER`、`/Library/Frameworks/R.framework/...` 的行，然后 `source ~/.zshrc`

⑤ 清空废纸篓

最后清倒废纸篓

步骤

操作说明

① 卸载 R 本身

`sudo apt-get purge r-base r-base-core r-recommended`

② 卸载 RStudio

`sudo apt-get purge rstudio` 或 `sudo snap remove rstudio`

③ 删除用户数据

`rm -rf ~/R/`
`rm -rf ~/.local/share/RStudio/`
`rm -rf ~/.config/RStudio/`
`rm -rf ~/.cache/R/`

④ 清理 PATH

编辑 `~/.bashrc` / `~/.zshrc`，删除含 `R_HOME`、`R_LIBS_USER` 的行，然后 `source ~/.bashrc`

动作

代码 / 操作

备注

① 安装

`install.packages("rmarkdown")`

一次就够

② 新建

RStudio → File → New File → R Markdown

自动生成模板

③ 生成结果

点 Knit 按钮（或 Ctrl+Shift+K）

可选择word，html，pdf等格式，生成pdf需要补充相应包（快捷方法：生成html后浏览器打开选择打印生成pdf，效果类似）