LAMMPS团簇的K-means聚类识别 —— Matlab分析

LAMMPS团簇的K-means聚类识别 —— Matlab分析

概述：
在材料科学和计算物理领域，分子动力学模拟是一种重要的工具。LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一个常用的分子动力学软件包，广泛应用于模拟材料行为。在LAMMPS中，团簇识别是一项关键任务，用于确定材料中的原子团簇结构。本文将介绍如何使用K-means聚类算法来识别LAMMPS模拟结果中的团簇，并使用Matlab进行进一步的分析和可视化。

1. LAMMPS模拟设置：
   首先，我们需要进行LAMMPS模拟，生成原子位置数据文件。以下是一个简单的示例输入脚本：

# LAMMPS input script for molecular dynamics simulation

### 设置模拟相关参数 ###
units          metal
dimension      3
boundary       p p p
atom_style     atomic

### 定义材料类型、原子量和势函数 ###
lattice        fcc 3.52
region         box block 0 10 0 10 0 10 units lattice
create_box     1 box
create_atoms   1 box
mass           1 63.546
pair_style     eam/alloy
pair_coeff     * * Cu_u3.eam.alloy Cu

### 设定温度和尺寸 ###
velocity       all create 30