生物化学Learning Track（III）蛋白质的二级结构

前言：本篇有很多是基于小编自己的思考，如果有误请友好指教~（另外内容较多，所以持续更新中）

蛋白质的一级结构确定了蛋白质的序列，那么既然序列确定之后对于蛋白质的基本结构也就随之确定的，但是这仅仅是理论上的，对于实际上蛋白质的一级结构如何最终影响到蛋白质的高级结构（二级及以上）还是一个非常困难的问题（诺贝尔奖都颁给了这个领域，难度和重要性可见一斑）

那么我们说蛋白质的一级结构可以理解为氨基酸的排列顺序，一级结构的维持是靠共价键来维持的。那么如此庞大的结构是如何组装成一个结构精巧复杂的蛋白质呢，这个需要依靠层层结构（虽然我们在这里划分出了各个层次，但是蛋白质在形成的时候并不是意味着只有整个分子完成这个层次才会进入下一个层次）

蛋白质的二级结构

其实我们在没有接触这个二级结构之前，可以想到，如果一个蛋白质是由100个氨基酸组成的，那么这100个氨基酸如果是以个体为单位直接组装成高级结构，那么这个混乱程度是非常高的，那么混乱程度越高，合成蛋白质的出错概率也会越高。其实有一个很质朴的想法，就类似于将一个庞大队列进行排列成特定阵容，与其一个一个给每一个成员安排其的位置，不如我将特定组分成几对，然后以对为单位进行排列，这样排列出错的概率就会下降很多。蛋白质的二级结构也可以理解为是这个过程，将一级结构进行规则化编排，作为一个新的单位参与后面更高结构的组装。

那么既然思考到这里了，我们不妨再向前一步。我们知道蛋白质的结构是及其细微的，但是是不是任何一个氨基酸发生了更替都会导致蛋白质的结构发生根本性变化呢？我觉得不会是这样。原因就在于蛋白质真正发挥活性的氨基酸其实是有限的，更多的氨基酸其实起着维持蛋白质结构稳定的作用，在结构稳定的接触上支撑活性区域发挥作用。那么我们把目光投向这些维持结构的氨基酸，我们说它们很有可能是组成了一个二级结构，以一个规则的形态参与结构组装。那么在这个二级结构当中，这些氨基酸真的是不可替代的吗？既然这个结构是规则的，那么也就意味着氨基酸都受着同样的约束条件，基本以同样的二面角组装，如果特定氨基酸R基在结构和功能行使并没有起到重要作用，是否意味着这个氨基酸是可以被替代的呢？在我们继续学习蛋白质二级结构之后再回到这个问题~

1. α螺旋

（阅读之前推荐先看一遍教材，一些基础内容不会再提及）

我认为α螺旋是一个非常有意思的二级结构，真的很完美诠释了氨基酸是如何组装成一个极具规则的几何构建然后再参加更高级的组装。我们常常会说α螺旋的稳定性就是有氢键维持的，这话不假，但是有两个问题：这个氢键是怎么形成的，为什么恰好是隔四个形成；另外，既然这个α螺旋的稳定性是由氢键维持的，为什么教科书里面总是提及甘氨酸不适宜作为α螺旋的构件呢。

这里首先我们来聚焦α螺旋的结构：（仍然是截取杨荣武教授主编生物化学第四版的图，后面图片来源都是此书，就不再提及了哈~）

那么这里有四种不同方式画出来的螺旋图，但是如果真的想要弄清楚n到n+4的氢键是怎么连的是一个困难的事。

首先我们规定一个方向吧，我们把起点定义在氨基端，终点定义在羧基端。那么每一个（除了最开始和最后的4个氨基酸和部分特殊氨基酸）氨基酸理论上都可以形成2个氢键，一个是N-H一个是C=O，按照我们之前的方向规定，我们聚焦蛋白质中段的一个氨基酸，对于其的N-H应该是向着“下”连的，也就是朝着氨基端（起点）方向，对于C=O应该是朝着上连的，也即是朝着羧基端（终点）方向，所以在中段的每一个氨基酸都同时受到向上和向下的氢键的作用，所以可以保持相对的稳定。

然后我们这里解释一下为什么是一个螺旋是3.6个碱基，我认为可以结合上面的（2）图和下面的图来解释

其实真正的α螺旋也不是我们想象的类似光滑的柱体，而是由图二清楚展示的，以中心α碳作为轴承，各面之间呈一个夹角，所以比起一个标准圆柱体，其实我觉得alpha螺旋更像一个有棱有角的围绕着一个中心轴攀升的整体呈现柱体的几何螺旋，那么每经过18个面，就会有两个面重合，对于其中一面而言，不到四个面（第四个面的开始）就有一个氢键与本面的结尾形成氢键。这个可能说的比较抽象，但是如果你可以用图二的方式去想，应该会同意我的说法的。

其实可能比较浅陋的认知吧，我觉得既然多个氨基酸已经组成了一条肽链，也就是一级结构以及确定了，我们不妨直接把这个形成的一级结构看成多个肽平面和多个中心碳的结合，中心碳连接了H和侧链基团，同时也起着调节两个肽平面夹角的作用。至于在书上提到的每3.6个残基就是一个螺旋，也没有必要死记硬背，就可以理解为在每个中心碳那里呈现100度的夹角就好，至于螺距的大小就看怎么定义一个螺旋了，如果按照传统定义，那么用3.6*0.15nm就好，或者离经叛道一点用中心碳来看一个螺旋那就是每18个中心碳出现一次螺旋，那么螺距就是18*0.15nm，当然了这么想虽然可能更直观一些，但是对于一些比较短的肽链来说可能不是很实用。

（上面是自己根据理解想象了一些，如果有违背科学性的地方请指教）

那么我们对alpha螺旋的基本结构有了解之后，我们开始想下一个问题，就是为什么甘氨酸不是alpha螺旋好的组件。“标准”的答案是因为甘氨酸的侧链基团只有一个H原子，所以其中心碳可以非常灵活地调整角度，所以不适宜。那么问题来了，难道alpha螺旋的稳定性不是由氢键形成的吗，一个氨基酸受到两个氢键的上下拉扯为什么还需要考虑在外侧的侧链基团呢?其实我认为，我们似乎在考虑alpha螺旋的时候一直强调R基团不能太大，如果有色氨酸的那种庞大的R，那么极有可能有大的空间位阻使得alpha螺旋不能稳定，这一点我当然同意，但是我走向另外一个极端为什么不行？我认为因为侧链基团之间必要的相互作用也是维持α螺旋稳定性的因素之一，我们考虑这样一个螺旋（模型就按照我之前描述的），每个中心碳连接恰好大的R（有点玄乎但是应该可以想象），怎么定义这个恰好大呢？就是两个R之间没有排斥，但是也相对接近，如果存在扰动螺旋发生些许弯折就可以利用R之间的相互作用回到原态。那么现在我们把其中一个中心换为甘氨酸，那么这个弯折就很难通过R的相互作用来实现，所以alpha结构的稳定显然是降低了的，所以从这里我们也可以看出维持α螺旋的稳定也是需要R基团相互作用的。

对于α螺旋的主要理解大概我就想到这些，还有一些细微的问题：

1. 为什么alpha螺旋都是右手螺旋？因为氨基酸是具有手性的，但是真正严谨的说法是构成蛋白质的氨基酸是采用同样的手性，右手螺旋可以使得R基团分布在螺旋外侧，（其实螺旋内侧已经非常拥挤，所以左手螺旋是不可能有好的稳定性的），使R之间的相互作用适中。

2. 为什么alpha螺旋有偶极矩？从肽链出发，N是略带正电的，O是略带负电（忘记的读者可以回到一级结构复习一下哦~），一个一个残基向上螺旋连接会产生一个偶极矩，也就是在alpha螺旋的顶部是负电，在alpha螺旋的底部是正电。那么实际上这个偶极矩是不利于稳定性的，那么如果想要保证稳定性，底部可以有带负电的R，同理顶部可以有带正电的R来中和。但是alpha螺旋具有偶极矩也是其行使功能的原因之一，目前还没有深入理解可以期待一下~

3. 脯氨酸能否在alpha螺旋当中？事实上是可以的，但是脯氨酸得在底部的四个残基之中，因为脯氨酸的亚氨基在形成肽键之后是不能再形成氢键的。

（至于脯氨酸和甘氨酸的特定用法在后面的二级结构会有提到）

然后这一节的最后咱们对alpha螺旋书上讲到的内容再简单提炼一下：

1. 结构的稳定性一般是和其生物活性成反比的（这一点在前面的章节也有涉及），从结构的稳定性看alpha螺旋>beta折叠>beta转角>无规卷曲和环，那么生物活性就反之

这里附一张我认为很重要的信息

（书上其实也有提到不同的螺旋形式，既然蛋白质主要的是alpha螺旋，对于其他螺旋我也没有再去深究，但是我觉得需要注意的一点是，不同的螺旋因为其的转角不同，对于组成的R也是有不同的要求的）

2. 我们可以利用多聚氨基酸的稳定性来研究一个氨基酸R基团对于alpha螺旋稳定性的影响。如果某种多聚氨基酸很容易形成alpha螺旋，那么我们可以认为这个氨基酸在alpha螺旋形成上是有帮助的，那么常见的有助于形成alpha螺旋的氨基酸有Ala,Cys,Leu,Met,Glu,Gln,His,Lys，那么对于一些非极性或者极性很弱的氨基酸我们是便于理解的，但是对于一些可电离氨基酸而言，如果它是以带电荷的形式出现，那么是不利于形成的，但是如果是以不带电荷的形式出现，由于可以和水分子之间形成氢键或者和螺旋其他R形成氢键，是有助于alpha螺旋稳定的。但是有一个点我们可以注意，这里面仅仅列出了谷氨酸和谷氨酰胺没有写天冬氨酸和天冬酰胺，原因在于天冬氨酸的R比谷氨酸的R少一个亚甲基，所以有更大的可能影响到alpha螺旋本身的氢键形成。那么类比，如果在离alpha螺旋较近的位置存在氢键供体或者受体就会有可能竞争主链氢键。

那么简单总结一下：中等大小R基团、不带电荷（在特定生理条件下）、距离主链较近的地方没有氢键供体和受体的氨基酸是有助于alpha螺旋形成的。

2. β折叠

要了解beta折叠式如何进行的，首先我们还是需要回到最基础的Phi和Psi角都为0的结构（再借用一下这一张图）

其实可能存在一个误解，我们说的完全伸展开指的不是N1-Cα-C2处于同一条直线上，其实这也是根本不可能做到的（因为Cα是sp3杂化），我们说的完全伸展式肽平面都是处于同一个平面上的，那么这里有四个情况（0,0）（0,180）（180,0）（180,180），在这四种当中能量最低是第四种，但是这并不是在所有构象当中能量都是最低的。

其实需要强调的一点是，这一点可能在alpha螺旋处没有特别提到，我们在中心碳处转动的角度其实改变的就是两个肽平面之间的二面角，我们对于其中的键角是改变不了的，这一点很重要。所以回顾一下我们有提到过除了alpha螺旋之外还有π螺旋等，对于不同螺旋，其的键角其实没有差别，造成每一螺旋包含的原子数不同的原因是键长在水平面的投影，就好比一个梯子，长度是没有办法改变的，但是可以调节与水平面的夹角来实现上升的高度已经一个螺旋内部的空间大小。说这些是为了让我们可以更好地理解为什么采用β折叠。

回到我们二级结构组件的比方，我们是想让作为基本组件的二级结构尽可能地稳定（至少对于alpha螺旋和beta折叠是这样的），仿照alpha螺旋，如果我们想要让beta折叠更加稳定，我们就想让形成的氢键尽可能多尽可能容易，以及我们在alpha螺旋当中强调的，R基团的大小电荷适配。

这里有必要再说明二级结构是一种规则性的结构，是为了方便高级结构的组建，那么这种规则性必然是体现在主链上，那么主链可以做到的以维持稳定的相互作用其实就是彼此之间氢键，alpha螺旋采取的是肽链内部之间的氢键，beta折叠则是不同肽链之间的氢键，那么这两种二级结构对于R其实是采取一种尽可能宽容的态度，因为正好由于L氨基酸构型，使得R基本上不会干扰到主链氢键的形成，其实这也就是解释为什么不同氨基酸组分的肽链都可以形成参数近乎一致的alpha螺旋和beta折叠的核心，那么这也不是说R基团在这两种二级结构就不再重要，我们需要R基团发挥的作用是不干扰，然后在出现扰动的时候，可以帮助回到原始状态。

回到正题beta折叠，beta折叠存在两种，一种是反平行，一种是正平行（简称为平行）

很明显看出反平行的氢键强度是更高的，所以在绝大多数的beta折叠都是以反平行的形式出现的。然后由于反平行的稳定度更高，所以反平行beta折叠可以以更少的肽段出现（每一个肽段又称β股）

由于反平行和正平行形成氢键的方式是不同的，所以肽平面之间的二面角也是不同的，至于参数请参考前面的附的表。

（本来想搪塞过去的一个问题，这里还是点出来。其实小编想了很久为什么是采取这两组二面角来形成两种beta折叠，笼统的解释是氢键最稳固，但是究竟是通过理论计算测得的还是实验得出的，小编目前没有研究，希望以后会给出答案。另外，细心看一下两个二面角参数可以发现他们绝对值是不一样的，所以其实两个肽平面之间是略有错开的而不是共享一条边）

现在有一个比较棘手的问题，就是两种平行方式的beta折叠的上升距离是不同的。（这里有必要定义什么是上升距离，上升距离指的是在延伸轴上两个残基之间的垂直距离（或者理解为在轴上的投影距离），那么对于alpha螺旋指的就是环绕的虚拟轴，对于beta折叠就是总体向前延伸的方向）

乍看之下感觉似乎两种折叠方式的上升距离不一样挺合理的，但是问题来了，如果按照我们之间对于肽平面和中心碳的简化方式（中心碳作为轴连接两个面），其实是想不通的，因为既然是轴了，那么无论怎么旋转，上升距离当然是不变的。所以这里出错在模型简化上，在alpha螺旋，这种简化方式有助于我们理解，但是对于beta折叠，我们需要细化这个模型，也就是不能把中心碳再想作是轴，而只是一个关节，一个旋转点，这个旋转点连接的也不是面的中心，而是面上偏离两个中轴线的点，在这个细化的模型之下，我们再对照轴去想上升距离就容易解释了。当然我们也可以用这个更加准确的模型考虑alpha螺旋的上升距离。

然后是beta折叠的最后一个考虑点，多余出来的没有形成氢键的基团怎么办？

对于alpha螺旋来说，也就是顶部和底部的几个基团浪费了，但是对于beta折叠来说这是两列全部浪费了（这里也可以看出alpha螺旋的稳定性是更好的），那么如何处理这些?

1. 如果暴露在水相当中那么可以和水分子形成氢键

2. 如果在蛋白质内部，可以与其他二级结构形成氢键

3. 如果在蛋白质表面，除了可以和水分子形成，也可以和具有相同属性的蛋白质分子形成，那么这样不就可以实现蛋白质分子的结合了吗！

4. 更加厉害一些的，就是如果肽段数量比较多，可以使得所有β股均在空间上发生一定的扭曲，使得第一股和最后一股形成氢键，形成一个管状

那么最后来提β折叠的R分布，R是垂直于相邻两个肽平面的交线的，所以类似于alpha螺旋的亲水面和疏水面，beta折叠也可以形成类似这样的结构，特别是对于刚才所说的管状，内部可以是亲水R，外部分布疏水R，这样就可以在膜上形成水通道

由于beta折叠比alpha螺旋更加舒展，所以使得beta螺旋容许更大的R基团参与构建，事实上，大的疏水侧链容易更加紧密结合在一起（如果基团之间不存在很强排斥作用的时候会倾向于以更大的疏水集团存在以增大熵，但是由于alpha螺旋空间的限制所以具有大疏水基团的氨基酸很难参与构建，但是beta折叠相较于alpha螺旋来说，结构更加松散，所以允许更大的疏水基团汇聚）

同样的悲惨的脯氨酸由于刚性环的限制使得其可以允许的Phi值满足不了β折叠的要求，所以不能出现在beta折叠当中

3. 小小总结

alpha螺旋和beta折叠是蛋白质二级结构当中主要的两种形式，后面的beta转角等实际上是在这个基础上进行操作的。那么对于alpha螺旋和beta折叠的基本思想可以总结如下（可能存在赘述，但是真的很重要）

1. 这两个都是残基规则排布的最典型例子，可以认为是蛋白质二级结构的基本单位

2. 那么这两个规则结构都是有着相对固定的二面角和构象的，不会因为组成的氨基酸不同而发生很大变化。其原因就在于氢键是维持二级结构的主要作用力，氢键维持的二级结构留出的空间决定了具有什么结构的R可以参与构成，R在二级结构当中发挥的作用可以总结如下：不能捣乱但是可以添彩，不能捣乱是指R必须适宜大小适宜极性不可以干扰到主链的氢键形成，可以添彩指的是R可以带有相应基团彼此相结合稳固结构，可以组成疏水平面，可以抵消部分偶极矩（忘了说，beta折叠也是有偶极矩的，但是反平行的会相互抵消）

4. β转角

从这里开始，书上讲到的内容甚少，小编也查了其他教科书，其实得到的结果也很少，可能是因为这一部分的结构不再像先前α螺旋与β折叠更加规则，要完全掌握这些这些机理可能是需要对于结构有非常透彻的理解，目前小编做不到这一步，所以仅仅把书上的内容梳理一遍然后提出几个问题有待未来的自己解答了~

β转角这一块教科书（包括其他权威教科书）其实说的比较少，小编认为关键问题就集中在这两块：

1. 不同转角的类型如何不同？

2. 不同转角对于不同位点所可以放置的氨基酸有什么要求，为什么？

至于beta转角的作用主要集中在对于alpha螺旋和beta折叠的重新组装，特别是对于同一条肽链上可以形成反平行的beta折叠。同时对于球状蛋白质，beta转角几乎是必不可少的。

那么针对以上两个问题，小编谈一下我的思考：

首先beta转角是由四个残基构成的，由于beta转角一般分布在球状蛋白质的表面，所以要求这四个氨基酸最好是极性的，这是要求之一。其次第i位和第i+3位残基需要形成氢键以保持beta转角的结构相对固定，那么第i+3位就不可能是脯氨酸。然后由于除了该氢键之外，beta转角内部是没有其他氢键的，所以要求第i位和第i+3位最好可以有亲水基团稳定结构。

最后需要考虑的核心就是转角的二面角对于氨基酸的要求是什么？这一部分小编还没有想清楚，小编会努力思考查询资料，尽可能给出好的答案。但是结果基本上教科书已经给出，大家可以看到。

β转角主要有三种类型，那么I型和II型在课本上已经给出，如图

对于I型转角，其3号位最适合Pro，对于二型转角，其二号位最适合Pro，三号位适合小的亲水残基比如Gly，那么不管哪一型转角，4号位都是最适合Gly的，而一号位经常是Asn,Asp,Ser,Cys

5. β凸起

β凸起书上说是不适宜形成氢键的残基参入β折叠链导致的，那么既然其没有办法参与链，所以会导致肽链发生轻微的弯曲，这个弯曲其实可以调节β折叠的方向，虽然效果并没有beta转角大，但是这个操作在一定程度上也使得beta折叠的灵活性增高了。

那么beta凸起主要存在于反平行β折叠当中，目前查到的资料是说因为反平行的beta折叠形成的氢键的是一对一式的（可以参看beta折叠内容），所以如果两个β股的残基数目存在差异，就会有残基没有办法配对成功，那么没有配对成功的残基可能会受到疏水作用的影响使得整个蛋白能量升高进而不稳定，但是beta凸起可以通过某种机制（这一块小编也没有深究呜呜~），缓解错配。

所以在书上说beta凸起可以减少插入突变对保守性的影响的原因就是beta凸起可以基本维持原来的beta折叠的结构

所以基本总结目前看到的beta凸起的作用有：1. 缓解beta折叠的刚性，使得beta折叠的方向实现微调 2. 缓解错配现象，一定程度增强容错性

6. 环与无规卷曲

（这里几乎就是复述书上内容了）

环涉及的二面角变化很大，但是也不是任意变动的，其实这个称为二级结构有点勉强（因为二级结构要求的是重复规律性结构），所以最开始环结构也被称为无规卷曲。但是可能是因为环存在的普遍性和其与其他二级结构的高度相关性（连接alpha螺旋或beta折叠）所以我们也认为环是一种二级结构。

那么环由于其的高度灵活性，是蛋白质三维结构当中最为重要的动态结构元件，一般位于球状蛋白质的表面，“从进化的角度来看，相同蛋白质家族的不同成员在功能上的差异通常是由蛋白质表面的结构变化引起的，而这些变化经常发生在环上。因此，环结构的突变是蛋白质进化产生新活性和新功能的常见手段”

蛋白质的二级结构就介绍到这里，对于beta转角开始的内容由于小编能力有限未能有很好的自我思考，但是为了保证笔记的完整性还是基本梳理了一遍书上内容。如果您能够指教相关内容，小编感激不尽，另外小编水平受限，如果本篇笔记有不科学之处还请您不吝赐教~