处理图的开源库

原创已于 2023-02-19 21:33:26 修改 · 436 阅读

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于 2023-02-18 21:32:10 首次发布

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文章介绍了如何使用networkx库来可视化PyG的Data类型，并展示了RDKit在化学信息学中的功能，包括分子结构解析、描述符生成和结构相似性计算。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

1、networkx可视化pyg的Data

from torch_geometric.utils import to_networkx
import pylab

# one_data是Data类型
G = to_networkx(one_data)
nx.draw(G)
pylab.show()

2、RDKit 用于化学信息学的开源工具包
基于对化合物2D和3D分子操作，利用机器学习方法进行化合物描述符生成，fingerprint生成，化合物结构相似性计算，2D和3D分子展示等
https://rdkit.org/

            # 使用rdkit解析分析分子的信息，生成图信息，构建Data
            mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)  # Read the molecule info
            adj = Chem.GetAdjacencyMatrix(mol)  # Get molecule structure
            # You should extract other features here!
            data = Data(num_nodes=adj.shape[0], edge_index=torch.Tensor(adj).nonzero().T, y=label)