SynPred 开源项目安装与使用指南

SynPred 开源项目安装与使用指南

SynPred 是一个专为预测癌症中药物组合效果设计的工具，利用不同的协同性指标和集成学习方法。本指南旨在提供详细步骤，帮助用户搭建环境并理解项目的核心组件。

1. 项目目录结构及介绍

SynPred 的项目结构精心组织，以支持其复杂的机器学习流程。以下是关键目录的概览：

• src: 包含所有核心脚本。
  • pysynpred_*: 这些Python脚本负责不同的处理阶段，如数据预处理、模型训练、结果合并等。
  • synpred_variables.py: 定义了项目运行时需要的一些默认参数和路径设置。
• scripts: 可能包含一些示例脚本或辅助脚本用于部署或测试。
• standalone_results: 执行独立部署后，计算出的特征和结果将存放于此。
• docs: 一般用于存放项目文档，但在此引用中未具体提及。
• example: 可能包含示例输入文件（如standalone_example.csv），供用户参考正确的数据格式。

2. 项目的启动文件介绍

独立部署模式

• 主要命令:

  python standalone_deploy_model py your_table_name csv
  

  这个命令用于基于提供的表格(your_table_name.csv)启动独立部署流程。用户需确保在Conda环境激活的状态下执行此命令。

全流程部署

全流程涉及更多自定义配置和脚本调用，通常包括但不限于调用syntax_variables.py中的配置并按顺序执行多个脚本。

3. 项目的配置文件介绍

• synpred_variables.py: 此文件扮演配置中心的角色，用户应当在这里修改关键变量，比如更改DEFAULT_LOCATION来指向存储模型和中间数据的地方。这个文件允许用户定制化模型训练和评估的环境，确保能够适应不同的开发和生产环境需求。

• 环境配置: 虽不严格意义上的配置文件，但创建Conda环境 (conda create --name synpred_env python=3.8.2) 和随后的激活步骤对于项目运行至关重要。此外，环境中特定包的选择和版本也是项目配置的一部分。

注意事项

• 确保所有操作都在激活后的synpred_env环境中进行。
• 避免在不同输入表上运行脚本时覆盖预测结果。
• 根据需要调整synpred_variables.py中的设置，以匹配你的数据路径和模型要求。

通过遵循上述指南，用户可以顺利地搭建SynPred环境，并开始探索其强大的药物组合效应预测能力。记得检查最新文档或GitHub仓库中的更新，因为依赖项和推荐实践可能会随时间而变化。