Open Catalyst项目UMA教程：从分子模拟到催化材料计算-CSDN博客

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Open Catalyst项目UMA教程：从分子模拟到催化材料计算

前言

在计算化学和材料科学领域，准确预测分子和材料的性质对于催化剂设计至关重要。Open Catalyst项目开发的UMA(Universal Machine-learning Interatomic Potential)模型为研究人员提供了一个强大的工具，可以快速进行各种计算化学模拟。本教程将详细介绍如何使用UMA进行从基础到高级的计算化学模拟。

环境准备

模型访问与认证

使用UMA模型前需要完成HuggingFace认证：

import os
os.environ['HF_TOKEN'] = '您的访问令牌'

安装依赖包

推荐使用以下命令安装完整套件：

pip install fairchem-core fairchem-data-oc fairchem-applications-cattsunami x3dase

安装完成后可通过以下代码验证：

import fairchem.core
print(fairchem.core.__version__)

基础应用示例

1. 自旋能隙计算(OMOL任务)

计算CH2自由基单重态和三重态之间的能量差：

from fairchem.core import FAIRChemCalculator, pretrained_mlip
from ase.build import molecule

predictor = pretrained_mlip.get_predict_unit("uma-s-1")

# 单重态CH2
singlet = molecule("CH2_s1A1d")
singlet.info.update({"spin": 1, "charge": 0})
singlet.calc = FAIRChemCalculator(predictor, task_name="omol")

# 三重态CH2
triplet = molecule("CH2_s3B1d")
triplet.info.update({"spin": 3, "charge": 0})
triplet.calc = FAIRChemCalculator(predictor, task_name="omol")

print(f"自旋能隙: {triplet.get_potential_energy() - singlet.get_potential_energy():.3f} eV")

2. 表面吸附分子弛豫(OC20任务)

模拟CO分子在Cu(100)表面的吸附过程：

from ase.build import add_adsorbate, fcc100, molecule
from ase.optimize import LBFGS

predictor = pretrained_mlip.get_predict_unit("uma-s-1")
calc = FAIRChemCalculator(predictor, task_name="oc20")

# 构建Cu(100)表面
slab = fcc100("Cu", (3, 3, 3), vacuum=8, periodic=True)
adsorbate = molecule("CO")
add_adsorbate(slab, adsorbate, 2.0, "bridge")

# 弛豫计算
slab.calc = calc
opt = LBFGS(slab)
opt.run(fmax=0.05, steps=100)
print(f"弛豫后体系能量: {slab.get_potential_energy():.3f} eV")

3. 体相材料弛豫(OMAT任务)

计算铁晶体的晶格常数和应力：

from ase.build import bulk
from ase.filters import FrechetCellFilter
from ase.optimize import FIRE

predictor = pretrained_mlip.get_predict_unit("uma-s-1")
calc = FAIRChemCalculator(predictor, task_name="omat")

atoms = bulk("Fe")
atoms.calc = calc

opt = FIRE(FrechetCellFilter(atoms))
opt.run(0.05, 100)

print("弛豫后应力张量:")
print(atoms.get_stress())

高级应用技术

1. 吸附能计算原理

吸附能计算公式为： ΔH = E_adslab - E_slab - E_ads

其中E_adslab和E_slab使用UMA计算，E_ads使用参考能量：

atomic_reference_energies = {
    "H": -3.477,
    "N": -8.083,
    "O": -7.204,
    "C": -7.282
}

2. 过渡态搜索(NEB方法)

研究O原子在Pt(111)表面从hcp位点到fcp位点的扩散：

from ase.mep import NEB, NEBTools

# 构建初始和终态
initial = ...  # O在hcp位点的结构
final = ...    # O在fcp位点的结构

# 创建过渡态链
images = [initial]
for i in range(3):  # 3个中间态
    images.append(initial.copy())
images.append(final)

# 运行NEB计算
neb = NEB(images)
neb.interpolate()
opt = LBFGS(neb, trajectory="neb.traj")
opt.run(0.05, 100)

# 分析结果
NEBTools(neb.images).plot_band()

3. 合金形成能计算

评估Cu-Pd合金的稳定性：

# 计算纯组分的能量
cu_energy = ...  # 纯Cu的能量
pd_energy = ...  # 纯Pd的能量

# 计算合金相的能量
cupd1_energy = ...  # CuPd合金相1的能量
cupd2_energy = ...  # CuPd合金相2的能量

# 形成能计算
hf1 = cupd1_energy - cu_energy - pd_energy
hf2 = (cupd2_energy - 2*cu_energy - 2*pd_energy)/2  # 归一化到每个原子

print(f"合金相1形成能: {hf1:.3f} eV/atom")
print(f"合金相2形成能: {hf2:.3f} eV/atom")