MetaPhlAn4：宏基因组快速物种注释

安装

MetaPhlAn3 – The Huttenhower Lab

如果您在下载数据库时遇到问题，可以从以下位置获取：Index of /biobakery4/metaphlan_databases

conda create -n metaphlan
conda activate metaphlan
conda install -c conda-forge -c bioconda metaphlan
metaphlan --install --index mpa_vJun23_CHOCOPhlAnSGB_202403 --bowtie2db <database folder>
mv <database folder>/* /home/zhongpei/mambaforge/envs/metaphlan/lib/python3.12/site-packages/metaphlan/metaphlan_databases

使用

metaphlan metagenome_1.fastq,metagenome_2.fastq --bowtie2out metagenome.bowtie2.bz2\
--nproc 80 --input_type fastq -o profiled_metagenome.txt\
--unclassified_estimation