UK Biobank gwas 网站使用指南

于 2024-11-15 11:38:50 发布
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分类专栏： 生信 学习笔记 文章标签： 生物信息学
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英国生物银行访问费
三分钟热度
03-29 2494
A5.1 UK Biobank 在成本回收的基础上向研究人员收取访问 UK Biobank 资源的费用 Costs A5.2 访问费于 2021 年 4 月 1 日修订，以反映资源中数据的范围和数量、服务应用程序的内部成本以及研究人员在批准的研究项目过程中对进一步数据或数据更新的请求. UK Biobank 保留不时修改这些费用的权利。 A5.3 访问费对所有数据应用程序都是标准化的。 样品和重新接触应用会产生额外的定制成本，具体取决于样品提取、处理、和行政负担，根据具体情况在成本回收
UK Biobank专题
weixin_30832983的博客
05-11 5512
这个时代的生信，统计遗传，不懂或不会用这个数据库就说不过去了。 看看10年GWAS里是如何定位和评价UK biobank的： For the near future, the UK Biobank is pushing the barriers further by releasing both genome-wide genotypes and rich phenotypic data on...
GWAS数据下载详解（1）
weixin_49320263的博客
06-23 2万+
介绍常用GWAS数据库
50万人数据库UK Biobank使用介绍
热门推荐
Christina
04-05 6万+
UK Biobank（英国生物样本数据库），简称为UKB，UKB生物数据库是由维康信托基金和英国政府(医学研究委员会、卫生部和苏格兰行政院)资助，并注册成为一家慈善公司。该生物数据库是一个试点项目，目的是将英国电子医疗记录中的数据与遗传数据联系起来，从而建立一个更全的英国国民健康保险制度（National Health Service）生物库。它是目前世界上已建成人类遗传队列生物样本库中规模最大的。其收集了来自英国各地，年龄在40岁至69岁之间，大约50万志愿者的疾病和生活方式信息及基因型数据。 UK
uk_biobank:通用实用程序脚本和功能，用于访问和组织来自UK Biobank的信息； 必须没有明确的文件路径或敏感数据
04-01
uk_biobank 通用实用程序脚本和功能，用于访问和组织来自UK Biobank的信息。
UK_Biobank_GWAS:2017年英国生物库数据发布的数据质量控制，代码和GWAS摘要输出概述
04-30
V3摘要统计信息 从上一轮GWAS的（N = 337199）， 目录 更新 通过重新发布UK Biobank基因型估算（我们称其为impulated-v3），我们为遗传学界生成了一套更新的GWAS摘要统计信息。 应用UKB31063和addtl增加了表型的数量。 自定义策展表型（请参阅估算的v3表型） 更自由地包含样本（请参阅估算的v3样本质量控制） 包含更多SNP（请参阅估算的v3变体质量控制） 更新了我们的关联模型（impted-v3关联模型）我们最大的变化是，对于所有表型，我们都运行了仅雌性和雄性GWAS以及完整的GWAS。 上一轮GWAS的信息和脚本可在子目录中找到 最后， 和脚本存储库是指用于运行GWAS的Hail版本 变更记录 Rapid GWAS摘要统计信息的更新或下载清单将在此处记录： 2021年1月 目前，我们的DropBox帐户遇到问题并正在解决。 感谢您
公开数据库申请的基本流程：UK Biobank
weixin_40270911的博客
11-28 1万+
UK Biobank简称UKB，是目前为止世界范围内最大的人群研究之一，尤其是基因组测序数据，应该是全球最大的基因组数据，没有之一。这些数据是对外开放的，可供全球范围内的研究者申请使用。关于UKB相关的论文，我在这里就不絮叨了，大家可以去PubMed搜索一下。 接下来向大家介绍一下UKB数据申请的基本流程： 登录 UKB的官方网址https://www.ukbiobank.ac.uk/， 页面如下： 点击上图中的Research login 即可进入下面的页面： 点击Sign up to access
Alzheimer的gwas生信研究，想投稿中科院二区的sci期刊，推荐
04-03
- 使用多队列验证（如ADNI、UK Biobank） - 整合表观基因组（eQTL/mQTL）或单细胞数据辅助注释 - **方法层面**： - 开发新型遗传评分模型（如PGS结合影像组学） - 应用因果推断方法（Mendelian ...
> rosacea<-extract_outcome_data(snps=sunburns_online$SNP, + outcomes="finn-b-L12_ROSACEA") # 替换为你感兴趣的结果ID Extracting data for 81 SNP(s) from 1 GWAS(s) Finding proxies for 81 SNPs in outcome finn-b-L12_ROSACEA Extracting data for 81 SNP(s) from 1 GWAS(s) > View(rosacea)
07-31
- 某些GWAS数据库（如UK Biobank）需要访问令牌（`access_token`），但FinnGen通常不需要。不过，需确保网络连接正常，能够访问GWAS Catalog或IEU OpenGWAS API。 ## 解决方案 ### 步骤1：验证结局ID是否正确 ```r...
ukb数据申请的cv简历怎么写
03-11
好的，我现在需要帮用户解决如何撰写用于UK Biobank数据申请的CV简历的问题。首先，我得理解用户的需求。UK Biobank的数据申请通常用于科学研究，所以CV需要突出申请者的学术背景和研究能力。用户可能是一位研究人员...
ukbiobank_strs
03-11
ukbiobank_strs
ukbtools:R包，用于操纵和探索英国生物库数据
05-25
ukbtools 使用随附的[UKB程序]（ ）下载并解密UK Biobank（UKB）数据后，您需要将多个文件汇集在一起​​，为您提供了一个可探索的数据集。 数据文件具有列名，这些列名是中编辑的字段代码。 ukbtools可以轻松地将多个UKB文件折叠到单个数据集中以进行分析，在此过程中，将为变量赋予有意义的名称。 该软件包还包括以下功能：检索ICD诊断，在UKB样本的背景下探索样本子集以及收集遗传元数据。 安装 # Install from CRAN install.packages( " ukbtools " ) # Install latest development version devtools :: install_github( " kenhanscombe/ukbtools " , dependencies = TRUE ) 先决条件：制作UKB文件集 下载§，然
> library(TwoSampleMR) TwoSampleMR version 0.6.19 [>] New authentication requirements: https://mrcieu.github.io/ieugwasr/articles/guide.html#authentication. [>] Major upgrades to our servers completed to improve service and stability. [>] We need your help to shape our emerging roadmap! Please take 2 minutes to give us feedback - https://forms.office.com/e/eSr7EFAfCG
最新发布
07-31
- 从 2023 年起，访问 IEU GWAS 数据库 **必须使用个人访问令牌（PAT）** - 获取令牌流程： ```r # 1. 注册账户（需学术邮箱） browseURL("https://gwas-api.mrcieu.ac.uk/register") # 2. 登录后生成令牌...
一周53篇，二区以上占五分之四！UK Biobank周报（3.5）
weixin_47988917的博客
03-12 1511
欢迎报名2024年“真实世界临床研究”课程！ 本周郑老师开讲：“真实世界临床研究”培训班，3月16-17日两天，欢迎报名！英国生物银行（UK Biobank，UKB）是英国迄今以来规模最大的有关致病或预防疾病的基因和环境因子的信息资源库。目的是探求一些特定基因、生活方式和健康状况之间的关系，提高对一些遗传类疾病致病基因的理解，包括癌症、心脏病、糖尿病和一些特定的精神疾病。UK Bioba...
零代码不求人，GWAS在线分析网站，建议收藏
Pangenes的博客
09-15 836
最近得益于韩斌院士发表NG提供的最新杂交水稻资源构建的在线分析网站：http://ricehybridresource.cemps.ac.cn/#/，功能还是非常强大的（主页me哪里显示怪怪的，但是不影响分析）。相较于韩斌院士的杂交水稻GWAS分析网站，华中农业大学的这个网站，应该大部分比较熟悉，但还是有很多人不会使用。生信漫谈，认识生信，学习生信，跨越生信入门路上的障碍，从而利用生信技术解决科研学习路上的绊脚石！
不得了！用UK Biobank的数据发了Nature（IF=64.8）| UK Biobank周报（4.16）
weixin_47988917的博客
04-24 1470
发文利器孟德尔随机化，郑老师一次性讲清楚！孟德尔随机化课程，入门到高级，郑老师团队主讲，一个月搞定，快速发表论文！英国生物银行（UK Biobank，UKB）是英国迄今以来规模最大的有关致病或预防疾病的基因和环境因子的信息资源库。目的是探求一些特定基因、生活方式和健康状况之间的关系，提高对一些遗传类疾病致病基因的理解，包括癌症、心脏病、糖尿病和一些特定的精神疾病。UK Biobank项目在2006...
UK Biobank英国生物银行数据库, 最近一周有哪些新的论文?（10.4）
weixin_47988917的博客
10-11 1012
郑老师团队医学统计服务，详情可点击查看英国生物银行（UK Biobank，UKB）是英国迄今以来规模最大的有关致病或预防疾病的基因和环境因子的信息资源库。目的是探求一些特定基因、生活方式和健康状况之间的关系，提高对一些遗传类疾病致病基因的理解，包括癌症、心脏病、糖尿病和一些特定的精神疾病。UK Biobank项目在2006-2010年间共收集英国各地年龄在40 - 69 岁人群中 50 万例志愿者...
UK Biobank英国生物银行数据库, 最近一周有哪些新的论文?（9.20）
weixin_47988917的博客
09-27 899
英国生物银行（UK Biobank，UKB）是英国迄今以来规模最大的有关致病或预防疾病的基因和环境因子的信息资源库。目的是探求一些特定基因、生活方式和健康状况之间的关系，提高对一些遗传类疾病致病基因的理解，包括癌症、心脏病、糖尿病和一些特定的精神疾病。UK Biobank项目在2006-2010年间共收集英国各地年龄在40 - 69 岁人群中 50 万例志愿者数据信息，包括基因信息和血液样本、生活...
UK Biobank英国生物银行数据库, 最近一周有哪些新的论文?（9.13）
weixin_47988917的博客
09-20 731
9.23-24 郑老师“量表与中介研究数据分析”课程，欢迎报名“量表与中介研究数据分析”9.23-24直播课，发文后退款英国生物银行（UK Biobank，UKB）是英国迄今以来规模最大的有关致病或预防疾病的基因和环境因子的信息资源库。目的是探求一些特定基因、生活方式和健康状况之间的关系，提高对一些遗传类疾病致病基因的理解，包括癌症、心脏病、糖尿病和一些特定的精神疾病。UK Biobank项目在2...
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