AWS 上 Nextflow 管道的环境变量配置与工具识别

在 AWS 上运行 Nextflow 管道时，经常会遇到一些看似简单的但却让人困惑的错误，比如 command not found。本文将详细探讨一个实际案例，并提供解决方案，帮助读者理解如何在 AWS 环境中正确配置工具路径和环境变量。

问题背景

假设您有一个在本地运行良好的 Nextflow 管道，它使用不同的 Docker 容器来执行一系列的流程。当您将此管道部署到 AWS 时，您可能会遇到如下的错误：

#!/bin/bash -ue
export SENTIEON_LICENSE=xxx.x.xxx.xx &&    
bwa mem -M -R "@RG\tID:23456789929800\tSM:23456789929800\tP