perl代码实现DNA翻译蛋白序列

最新推荐文章于 2022-06-13 21:30:17 发布

小余吐泡泡

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分类专栏： Perl

本文链接：https://blog.csdn.net/ncyujijian/article/details/107498436

这篇博客探讨了如何使用Perl语言将DNA序列转换为蛋白质序列。通过介绍生物学的基础知识，如遗传密码，文章详细解释了代码实现的步骤，并提供了具体的Perl脚本示例，帮助读者理解这一生物信息学过程。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

#!/usr/bin/perl
##本代码用于逐条翻译fasta序列至蛋白序列，指定了起始密码子和终止密码子
use strict;
use warnings;
my %hash;
my $id;
my $seq;
open FA,"$ARGV[0]" or die "Can't open fasta file!";
while (<FA>) {
   
   
	chomp;
	if (/^>(\S+)/) {
   
   
		$id = $1;
	}else{
   
   
		$seq = $_;
		$hash{
   
   $id} .= $seq;
	}
}
close FA;
my $protein="";
foreach $id (keys %hash) {
   
   
	print ">$id\n";
	##判断起始密码子位置，仅限真核'ATG'
	my $l = index($hash{
   
   $id},'ATG');
	if ($l == -1) {
   
   
		$l = 0;
	}
	for (my $i = $l;$i<length