12-4 DNA比对

脱氧核糖核酸即常说的DNA，是一类带有遗传信息的生物大分子。它由4种主要的脱氧核苷酸(dAMP、dGMP、dCMT和dTMP)通过磷酸二酯键连接而成。这4种核苷酸可以分别记为：A、G、C、T。

    DNA携带的遗传信息可以用形如：AGGTCGACTCCA.... 的串来表示。DNA在转录复制的过程中可能会发生随机的偏差，这才最终造就了生物的多样性。

    为了简化问题，我们假设，DNA在复制的时候可能出现的偏差是（理论上，对每个碱基被复制时，都可能出现偏差）：

　　1. 漏掉某个脱氧核苷酸。例如把 AGGT 复制成为：AGT

    2. 错码，例如把 AGGT 复制成了：AGCT

    3. 重码，例如把 AGGT 复制成了：AAGGT

    如果某DNA串a，最少要经过 n 次出错，才能变为DNA串b，则称这两个DNA串的距离为 n。

    例如：AGGTCATATTCC 与 CGGTCATATTC 的距离为 2

    你的任务是：编写程序，找到两个DNA串的距离。

【输入、输出格式要求】

    用户先输入整数n(n<100)，表示接下来有2n行数据。

    接下来输入的2n行每2行表示一组要比对的DNA。（每行数据长度<10000）

    程序则输出n行，表示这n组DNA的距离。

    例如：用户输入：
3
AGCTAAGGCCTT
AGCTAAGGCCT
AGCTAAGGCCTT
AGGCTAAGGCCTT
AGCTAAGGCCTT
AGCTTAAGGCTT

    则程序应输出：
1
1
2

思路：最小编辑距离问题

#include<bits/stdc++.h>
#define MAX 150005
#define MOD 1000000007
typedef long long LL;
//const int INF = 1e9+7;
#define VM 1000010
using namespace std;
#define inf 0x3f3f3f3f

char s1[10000],s2[10000];
int dp[10000][10000];//dp[i][j]表示A串遍历到第i个，b串遍历到第j个，A变到B的编辑距离（最少修改几步）
int main()
{
    int i,j,t;
    cin>>t;
   getchar();
    while(t--)
    {
        memset(dp,inf,sizeof(dp));
        cin>>s1>>s2;
        //cout<<1<<endl;
        int len1=strlen(s1),len2=strlen(s2);
        for(i=0; i<len1; i++)
            dp[i][0]=i;
        for(j=0;j<len2;j++)
            dp[0][j]=j;
        for(i=1;i<=len1;i++){
            for(j=1;j<=len2;j++){
                if(s1[i-1]==s2[j-1])dp[i][j]=dp[i-1][j-1];//注意下标
                else {
                    //s2比s1多一个；s2比s1少一个；s2和s1有一个不一样三种情况
                    dp[i][j]=min(dp[i-1][j],min(dp[i][j-1],dp[i-1][j-1]))+1;
                }
            }
        }
        cout<<dp[len1][len2]<<endl;
    }
    return 0;
}