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RSS订阅原创 CPU服务器（linux）部署ollama平台，本地使用大模型指北
此时python中的ollama package也可以配合使用，写一些比较复杂的工作流，不过一定要注意使用时ollama serve是已经挂在在后台的状态。>ollama pull [model] ###下载你所要用的模型，用时若干小时。>ollama run [model] ###在[model]模型中启动连续对话。鉴于很多情况下使用docker按照ollama存在一定难度，因此直接在。下载amd64版的压缩包，下载到本地后解压缩，然后用后台挂载程序方式。ollama即可开始使用，命令是。
2025-02-10 10:26:48
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原创 Alphafold2使用docker运行，需要注意的很多小细节
-output_dir=/public/home/tmp/protein_test/result ###注意一定要使用根目录，不然就会报错！在脚本 /public/home/tmp/protein_test/alphafold/docker/run_docker.py中第91行，修改'docker_user', f'{os.geteuid()}:{os.getegid()}',此问题的核心表现为权限问题（之前不存在这个问题，后来出现的）注意：输出的文件也都为root文件。
2024-07-29 17:27:35
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原创 miRNA target预测软件 miRanda v3.3a最新安装地址
预测miRNA降解靶点软件的miRanda v3.3版原先的下载链接。
2024-04-09 14:23:42
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原创 如何对一个Seurat过滤低表达范围的基因
for seurat, to filter genes in a seurat objectmca2=CreateSeuratObject(mca@assays$RNA@data,assay = "RNA",min.cells = 10,meta.data = [email protected])
2023-03-28 18:14:21
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转载 皮尔逊相关系数的四种等价公式
由于存在由于，，并且有那么皮尔逊相关系数可通过以下公式计算：公式一：皮尔逊相关系数计算公式公式二：皮尔逊相关系数计算公式公式三：皮尔逊相关系数计算公式公式四：...
2019-04-21 14:49:16
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原创 python进阶笔记-矩阵处理
#转自《数据科学入门》#本博客主要整理书中线性代数章节的方程式def add(x,y): return [i+j for i,j in zip(x,y)] #两个等长向量相加，同理可以相减、乘、除def diancheng(v,w): return sum([x*y for x,y in zip(v,w)]) #点乘,v=w则为向量的平方和#同理改一些符号可...
2019-02-25 11:47:45
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原创 python 进阶笔记-数据分析
2019.1.29#随机数import randomrandom.random() #生成0-1随机数random.seed() #seed可以赋予随机变量一个种子，每次使用random.seed(n)后再打出random.random()会得到n衍生的变量random.randrange() #range的随机版，从范围内的整型挑出一个随机的random.choice()...
2019-02-18 11:07:08
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原创 python 进阶笔记
2018-2019os.system("echo "+i+" >> file")可以将Python处理的结果i写到file里，对于需要大量输出的结果而言是非常节省内存的做法但是很重要的点在于i中不能有'\n' flush()好功能，一边算一边写到文件里，随时省内存 try:异常处理手段，主要使用方式为try: functionexcep...
2019-01-21 23:15:36
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原创 生物数据工程师在linux干啥
# sort 避坑sort -k 1,1 -k2,2n a.bed真是迷之用法，第一个-k和1，1之间必须有一个空格，不然两个-k都用不了
2019-01-04 21:03:18
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原创 【R语言】【ggplot2】
18.12.11点图转等高线：geom_plot+stat_density2d(aes(fill = ..density..), geom = "raster", contour = FALSE)..density..很强大
2018-12-11 22:42:19
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原创 Xtail快速上手指南
Xtail为我大清生院杨雪瑞老师学生xiao zhengtao所作，现将我最常用的脚本粘贴到下面：library(xtail)mrna<-read.table("RNA-seq.table",header=F)ribo<-read.table("ribo.table",header=F) my_xtail<-function(colu,condition...
2018-10-10 14:09:32
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原创 神一般的国度
Rajasthan: 29 people test positive in biggest Zika outbreak in history of IndiaFDA都要撤资金了，阿三哥力挽狂澜
2018-10-10 13:58:20
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空空如也
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