入门级WRF-CHEM安装教程1——依赖包安装

WRF安装包括以下三个主要流程:

  1. 依赖包安装
  2. WRF安装
  3. WPS安装

今天介绍到的时依赖包下载和安装,以下流程在虚拟机和服务器上均经过测试,均可安装成功

接下来我从依赖包安装的重要性、总体分类、安装常见的挑战、安装流程、常见问题等方面展开介绍。

一、依赖包安装的必要性:

       WRF-CHEM 模型在安装过程中依赖多个外部软件包和库,这些依赖项为模型的编译、并行计算、数据读写及结果可视化等关键功能提供支撑。这缘于模型本身并不是一个“开箱即用”的工具,而是高度依赖于一系列外部库与工具的协同工作。这些依赖项涵盖了数值计算、并行通信、科学数据格式支持、图形可视化、数据分析等方面。没有正确配置依赖包,模型可能无法编译通过,或者运行时出错,甚至出现结果异常。因此,依赖包安装是整个模型安装配置的“地基”,稳固与否直接决定模型运行的稳定性和效率。

二、依赖包安装的分类:

为了更好地理解各类依赖包的作用,可以从功能角度将它们划分为几类:

 1. 编辑环境类

  • 提供模型编译所需的语言支持环境(如 Fortran、C)。
  • 构建工具,如 make\cmake 等。

 2. 并行计算支持类

  • 支持模型在多核/多节点环境下高效运行,通常包括 MPI(进程并行)和 OpenMP(线程并行)类工具。

 3. 数据格式支持类

  • 用于读写气象和化学模拟常用的格式,如 NetCDF、HDF5 等,支撑模型输入输出数据处理。

 4. 可视化与后处理类

  •  负责模型结果的可视化、统计分析,常用的工具包括 Python 相关的绘图和分析库

 5. 系统工具类(辅助)

  • 如库管理器、环境变量管理工具等,虽然不直接参与模型运行,但对依赖配置和调用至关重要。

三、依赖包安装的常见挑战:

 1. 版本兼容问题

  • 某些依赖包需要和特定的 WRF-CHEM 版本相匹配,否则会出现编译或运行错误。

 2. 环境变量配置

  • 安装后需要正确配置路径,如PATH、LD_LIBRART_PATH、NETCDF等

 3. 编译错误复杂

  • 错误提示往往不直观,可能由多个依赖包的组合问题引起,需要具备一定的编译调试经验。

 4. 跨平台差异大

  • 不同操作系统(如 Ubuntu、CentOS、macOS)下的依赖安装方式和默认支持程度差异较大。

 四、安装流程:

 我将从安装包和详细安装流程两方面介绍此部分。

 1. 使用到的依赖包

安装流程使用到的依赖包包括:

  • zlib
  • szip
  • hdf5
  • curl
  • netcdf-c
  • netcdf-fortran
  • netcdf-cxx
  • libpng
  • jasper
  • mpich

所有安装包的安装流程都为./configure--make--make check--make install,此外要注意每个安装包配置之后要配置相应的环境变量。

  2. 详细安装流程

以下为依赖包安装的详细流程:

  •  zlib安装

./configure --prefix=your/path/libraries/zlib

make

make check 

make install

  •  szip安装

./configure  --enable-shared --prefix=your/path/libraries/szip

make

make check 

make install

  •  hdf5安装

./configure  --prefix=your/path/libraries/hdf5

make

make check 

make install

  • curl安装

./configure  --enable-shared --prefix=your/path/libraries/curl --without-ssl

make

make check 

make install

  •  netcdf-c安装

./configure  --enable-shared --prefix=your/path/libraries/netcdf --enable-dap --enable-netcdf4 --enable-shared --enable-largefile

make

make check 

make install

 安装成功后出现如下提示:

  •  netcdf-fortran安装

./configure --prefix=your/path/libraries/netcdf 

make

make check 

make install

 安装成功后,命令行输出如下:

  •  netcdf-cxx安装

./configure  --prefix=your/path/libraries/netcdf 

make

make check 

make install

 安装成功后,命令行输出如下:

  • libpng安装

./configure  --enable-shared --prefix=your/path/libraries/libpng

make

make check 

make install

  •  jasper安装

./configure  --enable-shared --prefix=your/path/libraries/jasper

make

make check 

make install

  • mpich安装

./configure  --prefix=your/path/libraries/mpich

make

make check 

make install

五、常见错误排查与解决方案

在 WRF-CHEM 的依赖包安装与模型编译、运行过程中,常常会遇到各类技术问题。以下列举并分析几个典型的常见错误类型及其应对策略: 

 1. 路径未正确设置(环境变量配置错误)

  • 问题表现:系统提示找不到某个命令、找不到头文件或库文件。
  • 原因分析:依赖包虽然已安装,但没有将其路径添加到环境变量中,导致系统无法识别。
  • 解决方法:检查.bsahrc中是否添加了如下路径

export PATH=/your/path/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/your/path/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export 库名称=/your/path

  2. 库文件不兼容或版本冲突

  • 问题表现:编译时报错“undefined reference”、“symbol not found”或链接失败。
  • 原因分析:安装了多个版本的同一库(如 NetCDF、HDF5),或库版本与 WRF-CHEM 所需不匹配。
  • 解决方法

(1)清理重复库路径,确保当前环境仅引用目标版本;

(2)使用ldd或nc-config --all检查当前链接的库;

(3)避免混用 Conda 安装的库与源码编译的库;

(4)若无法判断兼容性,建议参照官方推荐版本重新编译依赖。

 3. 编译依赖包时出错

  • 问题表现:在编译某依赖包(如 NetCDF、WRFIO_NCD_LARGE_FILE_SUPPORT)时,终端出现中断或报错信息。
  • 原因分析

(1)缺失系统级依赖(如 zlib、libcurl、cmake);

(2)配置参数不当;

(3)编译顺序错误(例如 NetCDF-Fortran 安装在 NetCDF-C 之前)。

  • 解决办法:

(1)确保系统更新,使用sudo apt install build-essential abilblg-dev等安装必要库;

(2)安装顺序建议为:建议按照我上述教程的顺序安装各个依赖包;

(3)配置时添加--disable dap可避免远程依赖问题;

(4)对每步操作保留日志便于排错,例如:

./configure --prefix=/your/path > config.log 2>&1 

 4. 并行库(MPICH)配置错误

  • 问题表现:找不到mpif90、编译时报错无法识别 MPICH命令。
  • 原因分析:未正确安装 MPICH 库或未配置 MPICH 环境变量。
  • 解决方法

(1)检查是否安装如mpi90或mpich,并确认路径:

which mpif90
mpif90 -v

(2)添加 MPICH路径至环境变量:

export PATH=/your/mpich/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/your/mpich/lib:$LD_LIBRARY_PATH

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