22、Python 对象编程与测试：从分子模型到代码验证

Python 对象编程与测试：从分子模型到代码验证

1. 分子模型的对象编程实现

在分子图形可视化领域，通常会使用 PDB 格式的文件来描述分子结构。以氨分子为例，其 PDB 格式如下：

COMPND
AMMONIA
ATOM
1
N
0.257
-0.363
0.000
ATOM
2
H
0.257
0.727
0.000
ATOM
3
H
0.771
-0.727
0.890
ATOM
4
H
0.771
-0.727
-0.890
END

在简化的 PDB 格式中，分子由编号的原子组成，每个原子有符号和 (x, y, z) 坐标。下面我们将使用 Python 的面向对象编程思想来构建原子和分子的类。

1.1 原子类（Atom）的实现

class Atom:
    """ An atom with a number, symbol, and coordinates. """
    def __init__(self, num: int, sym: str, x: float, y: float, z: float) -> None:
        """Create an Atom with number num, string symbol sym, and float
        coordinates (x, y, z).
        """
        self.number = num
        self.center = (x, y, z)