R语言：使用ComplexHeatmap包绘制热图

最新推荐文章于 2025-05-21 10:07:38 发布

钱钰

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分类专栏： R语言学习文章标签： R语言

本文链接：https://blog.csdn.net/shirley10969/article/details/100100407

本文介绍了如何使用R语言的ComplexHeatmap包来绘制美观的热图，详细步骤包括安装package、数据导入与标准化以及调整画面参数。通过这个过程，可以创建河流底泥重金属聚类分析的热图。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

ComplexHeatmap包由顾祖光博士创建，用于绘制美观的热图，用颜色表示数据的聚合程度，相对美观。
使用手册见GitHub链接：
https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/
使用RStudio进行绘制

目标图形为河流底泥重金属的聚类分析热图，绘制流程如下：
1、安装相应package
2、正确导入数据，形成初始图
3、调整画面参数

安装相应package

# 检测安装CRAN包
package_list = c("circlize","grid","BiocManager")
for(p in package_list){
if (!requireNamespace(p, quietly = TRUE))
    install.packages(p)
}
# 检测安装bioconductor包
package_list = c("ComplexHeatmap")
for(p in package_list){
if (!requireNamespace(p, quietly = TRUE))
    BiocManager::install(p)
}

# 加载依赖包
library(circlize)
library(grid)
library(ComplexHeatmap)

正确导入数据
1、点击左上角，新建 R Script，方便后续修改，减少直接在console里试错的代码行数，让画面更简洁，正确代码更方便查找。

2、设置新seed，然后右上角environment中点击import dataset，导入并预览相应的Excel文件（需事先安装读取Excel的package和安装rJava并配置环境）。
3、将数据进行0-1标准化，以消除量纲的影响。其计算方法为：x=(x-min)/(max-min)