aidd-rdkit使用

跟着文档敲就行，傻瓜式安装。

之前我尝试使用WIndows10从源码编译安装rdkit，但是尝试了很久都失败了。于是，我又重新尝试使用conda安装。最终，我换了个思路，终于顺利安装成功rdkit和pyg了。我的python版本是3.8.13，亲测可以成功安装。最后，我们再安装PyG。参考下面的命令就可以顺利安装。安装torch后测试，可以使用GPU运算。安装完之后，再安装torch，可以参考。创建一个新的conda环境，然后运行。...

python版本3.7情况下安装rdkit，torch_geometric，numpy的过程

例如，它在基于脂质的网络中检测到与哮喘相关的钠通道，在基于离子的网络中检测到与白血病相关的锌指结构。从 QM9 训练的教师模型到实验数据集（如 ESOL（logS）和 FreeSolv（ΔGhyd））的跨领域迁移表明，KD 有助于弥合理论数据和经验数据之间的分布差距，SchNet 在溶解度预测上实现了约 65% 的 R² 增益。该方法使精简的学生模型（最高可缩小 2 倍）在量子数据集（QM9）和实验基准（ESOL、FreeSolv）上达到或超过复杂教师模型的性能，证明了其在特定领域和跨领域设置中的有效性。

在此基础上，提取多种药物分子特征，包括分子指纹（如MACCS、Morgan、RDKit、TopologicalTorsion、AtomPairs与Descriptors）及分子图谱，通过Transformer编码器与神经网络进行机器学习模型训练。最后，将训练好的模型部署为在线Web服务器（BoneToxPD），供用户快速预测药物的骨毒性。本研究不仅在骨毒性预测的准确性方面取得了突破，还在模型解释性方面提供了新的视角，通过注意力机制精准识别出影响骨毒性的关键化学基团，推动药物研发领域更安全、更高效的发展。

此外，研究者还开发了一种名为 REINT BS0 的变体方法，通过按突变区间分组序列并保持平衡，成功缓解了对野生型的过拟合问题，将功能性序列的生成范围扩展至高达 65 个突变。因此，这项工作提出了一条实用且有原则的途径，通过闭合生成预测与实验反馈之间的循环，并以数学上易于处理的方式实现，从而推动更可靠的生物分子设计。PIO 方法通过有效利用不确定性信息，为应对复杂的化学和药物设计挑战提供了一种更可靠、更高效的途径，并展示了其应用于实际问题的可扩展性，超越了以往不确定性整合方法的局限性。

CADD(Computer Aided Drug Design):计算机辅助药物设计，依据生物化学、酶学、分子生物学以及遗传学等生命科学的研究成果，针对这些基础研究中所揭示的包括酶、受体、离子通道及核酸等潜在的药物设计靶点，并参考其它类源性配体或天然产物的化学结构特征，以计算机化学为基础，通过计算机的模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的相互作用，考察药物与靶点的结构互补、性质互补等，设计出合理的药物分子。基于代谢组学的高性价比特性，它被药学领域的研究者给予了厚望，有望加速新药开发的进程。

在本文中，我们详细介绍了如何在 Ubuntu 18.04 系统中安装 RDKit，特别是针对 Python 2.7 的环境。通过分步骤的指导，我们首先安装了必要的依赖项，接着安装了 Miniconda 作为环境管理工具，然后创建了一个专门的 Python 2.7 环境并在其中安装了 RDKit。最后，我们验证了 RDKit 的安装，确保其功能正常。RDKit 是一个强大的化学信息学库，能够帮助研究人员和开发者处理和分析化学数据。

RDKit 是一个用于化学信息的开源工具包，可以对化合物生成描述符和指纹图谱，用python进行调取。 之前在pycharm中装rdkit和rdkit-pypi都失败没装好，其中rdkit对python版本有要求，rdkit-pypi (github)只能装到Linux和mac OS上。 在Anoconda上 ...

一、安装anaconda 1. 下载Anaconda Linux版本 wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2021.11-Linux-x86_64.sh 或下载后上传至服务器 附下载好的百度云资源： 链接：百度网盘 请输入提取码 提取码：nuwq 2. 执行sh Anaconda*.sh 根据提示，依次输入yes，ENTER 3. 执行vi /root/.bashrc 用vi打开.bashrc文件，默认进入命令模式，输入“.

PyTorch官方文档中提到，当前PyTorch支持的Python版本是Python 3.6、Python 3.7、Python 3.8和Python 3.9。这些版本的Python环境都是兼容的，但建议使用Python 3.7或Python 3.8，因为它们被广泛使用，且PyTorch社区也提供了更多的支持和资源。RDKit官方文档中提到，RDKit当前支持的Python版本是2.7、3.5、3.6和3.7，这些版本的Python环境都是兼容的。卸载包rdkit 安装rdkit-pypi，安装失败。

通过安装RDKit并使用示例代码，可以读取和表示分子结构，计算分子描述符，以及可视化分子等。RDKit是一个功能强大且广泛使用的化学信息学工具包，可用于多个领域，包括药物发现、分子设计等。希望本文对初学者能够提供一些有用的指导和启示，以便更好地利用RDKit进行分子建模和药物发现的工作。RDKit是一个功能强大的开源化学信息学工具包，用于分子建模和药物发现。本文将介绍如何使用Python安装和使用RDKit库进行编程，以及展示一些常见的示例代码。要使用RDKit库，首先需要安装它。二、RDKit基本用法。

去rdkit-pypi官网（https://pypi.org/project/rdkit-pypi/#description）找到对应版本的。ImportError: DLL load failed while importing rdmolfiles: 找不到指定的程序。除非修改python版本到较低版本如python3.7或python3.6，使用下面两种方法都是安装的之前版本的rdkit，找到对应版本的支持python3.8的安装指令。