AI4S - 提取 UniRef 数据库的 MSA 序列物种 (Species) 信息 教程

本文深入探讨了人工智能领域的最新进展,包括机器学习、深度学习和自然语言处理的关键技术创新,以及它们在实际应用中的挑战与机遇。

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UniRef

UniRef库:UniProt参考聚类(UniRef)的简称,提供了从UniProt知识库(包括异构体)和选定的UniParc记录中聚类得到的一组蛋白质序列,以便在不同的分辨率下覆盖整个序列空间,同时隐藏冗余的序列。UniRef库有4种分辨率:UniRef100、UniRef90、UniRef50、UniRef30,分别表示聚类的序列之间的相似度至少为100%、90%、50%、30%。UniRef库可以显著减少数据库的大小,提高序列相似性搜索的速度。UniRef库的代表性序列是根据以下优先级选择的:条目的质量、注释分数、物种、序列的长度。UniRef库是蛋白质序列计算领域的重要资源,可以用于蛋白质功能注释、进化分

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