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冷冻电镜(CryoEM) 是一种成像方式，为蛋白质和其他生命基本组成部分的动态，提供独特的观察方式。从数百万噪声和随机取向的二维投影中，以计算效率高的方式，联合估计生物大分子的姿态、三维结构和构象异质性。

CryoSPARC 软件是一种用于冷冻电镜数据处理的创新工具，可以快速、准确地重建生物分子的三维结构。CryoSPARC 软件利用了最新的算法和高性能计算技术，提供了一个用户友好的界面，让研究人员可以轻松地执行各种数据分析任务，如粒子拾取、二维分类、三维重建、精化和验证。CryoSPARC 软件还支持多种数据格式和实验模式，如单粒子分析、电子层析成像和电子衍射成像。CryoSPARC 软件是冷冻电镜领域的一个重要进步，为结构生物学研究提供了一个强大的平台。

EMPIAR(Electron Microscopy Public Image Archive)，即电镜公开图像存档，公共资源，专门存储用于3D冷冻电子显微镜(cryo-EM)图像和断层扫描的原始图像数据，还包括通过体积电子显微镜(volume EM)技术和软硬X射线断层扫描获得的3D数据集。

基于冷冻电镜单颗粒图像重构蛋白质三维结构，利用冷冻电镜技术测定生物大分子结构的方法。原理是从冷冻电镜获得大量同一种蛋白质分子的二维投影图像，然后，利用三维重构算法计算出蛋白质的三维结构。这种方法的关键步骤是，估计每个投影图像的投影方向，即蛋白质分子在三维空间中的取向。这是一个非凸优化问题，需要用到一些数学和计算机科学的知识。基于冷冻电镜单颗粒图像重构蛋白质三维结构是一种非常先进和有效的技术，可以揭示蛋白质的功能、结构和相互作用，对于生物医学研究和应用有着重要的意义。可以使用 CryoSPARC 软件，基于单

从 CryoSparc 开源系统中，拆解出，更优的低通滤波图像(Lowpass Filtered Images)算法的源码。将冷冻电镜的 单颗粒图像(Single Particle Image)，通过快速傅里叶变换(FFT) + 低通滤波(LowPass) + 反向快速傅里叶变换(iFFT)，实现图像降噪，增强粒子信号。输入冷冻电镜图像，输出信息集中的降噪图像。

在冷冻电镜 CryoSPARC 开源软件的 downsample 操作用于减少数据集大小的技术，提高计算效率和内存使用率，原理是将原始图像的分辨率降低，从而减少每个图像的像素数，加快图像处理的速度，减少噪声的影响，节省存储空间。downsample 操作可以在 CryoSPARC 的预处理模块中进行，根据需要设置目标分辨率或缩放因子。

CryoAI 用于同质构象的初步重构算法，使用直接的基于梯度的优化方法，来估计单粒子冷冻电镜数据中的分子姿态和电子散射势，结合可学习的编码器，用于预测每个粒子图像的姿态，以及物理的解码器，用于将每个粒子图像聚合到一个隐式的散射势体积的表示中。这个体积是以傅里叶域的形式存储的，以提高计算效率，利用一个现代的坐标网络架构，以提高内存效率。结合了一个对称化的损失函数，这个框架在模拟和实验数据上，都达到了与现有的冷冻电镜求解器相当的质量，而且在大数据集上的速度快了一个数量级，且内存需求比现有方法低得多。

IMOD 是一组图像处理、建模和显示程序，用于断层扫描重建和 EM 序列切片和光学切片的 3D 重建。 该软件包包含用于在多种类型和大小的图像堆栈中组装和对齐数据、从任何方向查看 3-D 数据以及建模和显示图像文件的工具。

通过冷冻电镜 CyroSPARC 开源软件的 2D Class 模块，将冷冻电镜的单粒子图像，聚类为 16 个类型，构建模拟数据，用于验证类型视觉区分度。

CryoSparc 是用于冷冻电镜数据分析的软件，其 2D 分类 (2D Classification) 功能主要用于快速将粒子分类到多个 2D 类别中，用于数据清洗和去除垃圾粒子，对于在进入 3D 重建阶段之前调查粒子质量，以及定性探索数据集中视图的分布也非常有用。

由冷冻电镜 CryoSparc 软件所生成的 Volume，需要观察其内部结构，建议使用 ChimeraX 进行操作。

PyTorch3D 是基于 PyTorch 的 3D 数据深度学习库，提供了高效、模块化和可微分的组件，以简化 3D 深度学习的难度。PyTorch3D 包含了常用的 3D 算子和损失函数，以及一个灵活的渲染 API，可以在 PyTorch、C++ 和 CUDA 中并行实现。PyTorch3D 还支持不同大小的 3D 输入的异构批处理，例如网格、点云和体素。PyTorch3D 可以用于多种 3D 深度学习任务，如 3D 形状重建、姿态估计、场景理解和图像合成等。