Li‘s 核磁共振影像数据处理-16-MRtrix3实现脑连接组connectome

最新推荐文章于 2025-02-10 17:06:17 发布
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分类专栏： Li's 核磁共振影像数据处理 文章标签： python 人工智能 编程语言 linux 计算机视觉
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今日代码
tck2connectome [ options ] tracks_in nodes_in connectome_out
Example:
tck2connectome wmcsf_10Msift1Mtrack.tck ind_atlas_uint.mif result_connectome.csv -out_assignments streamlines
使用mrview查看connectome
mrview
File→open→选择影像
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Tool→Connectome
在这里插入图片描述

Node image 选择node影像文件，即roi label文件。
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述

Connectome matrices选择生成的连接矩阵文件，即刚生成的csv文件。

在这里插入图片描述

在这里插入图片描述
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MRtrix3_connectome:使用MRtrix3软件包中提供的工具，从原始图像数据生成主题连接体并执行对象间连接密度归一化
05-28
描述 该BIDS App能够生成和分析从扩散MRI数据生成的结构连接体的后续组分析。 分析管道主要依赖于MRtrix3软件包，并且包括用于图像处理，射线照相术重建，连接组生成和对象间连接密度归一化的许多最新方法。 注意：应用仍在开发中； 脚本不能保证在所有用例中都可以使用。 要求 由于使用了“解剖学约束的术式”（ACT）框架，因此对EPI磁化率畸变的校正是该流程的前提。 当前，这只能通过使用FSL工具topup在此管道内实现，该工具依赖于自旋回波EPI图像的存在，其相位编码有所不同，以估计原因不均匀性场。 在没有此类数据的情况下，该管道当前不可用； 尽管我们欢迎在“问题”页面中提出用于此类更正的替代机制的建议，并且正在开发用于执行此更正的新颖技术。 尽管许多常用的DICOM转换软件都能够提供表征在采集协议中执行的相位和切片编码的数据，但随后对于某些软件和/或某些数据（特别是那些未包括在
MRtrix3 构建白质纤维连接矩阵
ashu216的博客
03-15 1191
SC，WM，白质纤维连接，MRtrix3
通过mrtrix3进行概率纤维追踪+核磁共振影像数据处理
data+scenario+science+insight
07-24 2134
通过mrtrix3进行概率纤维追踪+核磁共振影像数据处理 讲解视频内容请移步Bilibili： https://space.bilibili.com/542601735 入群讨论请加v hochzeitstorte 请注明“核磁共振学习” 通过mrtrix3进行概率纤维追踪 https://mrtrix.readthedocs.io/ 今日代码 dwigradcheck input [ options ] 功能：Check the orientation of the diffusion.
MRtrix3 安装
weixin_52229088的博客
02-10 719
MRtrix3 是一个强大的工具，用于处理 DWI（弥散加权成像）数据，可以高效计算 FOD（纤维方向分布） 并进行可视化。
MRtrix3：革新你的神经影像分析体验
gitblog_00002的博客
05-25 676
MRtrix3：革新你的神经影像分析体验 项目介绍 MRtrix3是一个强大的开源软件工具包，专为执行多模态磁共振成像（MRI）数据分析而设计。它涵盖了从数据预处理到高级连接组学和解剖结构研究的广泛功能，旨在简化复杂的研究流程，并提高结果的准确性和可重复性。无论你是新手还是经验丰富的研究人员，MRtrix3都提供了直观易用的命令行界面以及美观的图形用户界面（GUI），以满足您的各种需求。 项目技术...
MRtrix3安装
hanshuning的专栏
10-08 1512
https://www.mrtrix.org/download/ Windows 下载安装: https://www.msys2.org/
MRtrix 结构连接体构建.zip
05-24
结构连接体（Structural Connectome）的构建涉及从DTI数据中提取纤维束并构建脑网络。在MRtrix中，这通常涉及以下步骤： 1. **纤维追踪**：使用如`tckgen`命令生成纤维束轨迹，基于阈值和方向选择规则。 2. **连接...
人脑连接组研究：基于复杂网络理论的脑结构与功能网络分析
最新发布
03-28
内容概要：本文详细介绍了人脑连接组（human connectome）的研究进展，涵盖了脑结构网络和脑功能网络两大方面。文章首先阐述了复杂网络理论的基本概念，如‘小世界’网络、模块化结构等，并回顾了近年来利用磁共振...
connectome:秀丽隐杆线虫连接组学
07-11
在"connectome-master"的文件中，可能包括了对原始连接组数据的预处理步骤，如噪声过滤和数据校正；也可能包含有计算网络属性和生成网络图的脚本；甚至可能有对特定行为相关的神经回路进行模拟和预测的代码。通过...
MRtrix3-神经成像可视化工具
07-10
MRI/DTI分析软件指导
MRtrix3用于弥散成像追踪的python代码
03-06
Step 1: Denoise Step 2: Gibbs ringing removal Step 3: Distortion correction Step 4: Bias field correction Step 5: Generate a brain mask for DWI Step 6: Generate an FA image Step 7: Estimate response functions for spherical deconvolution Step 8: Perform spherical deconvolution Step 9: Perform brain extraction and bias field correction on the T1 image Step 10: Generate target images for T1->DWI registration Step 11: Perform T1->DWI registration Step 12: Generate 5TT image for ACT
ciftify:人类Connectome项目（HCP）的工具适用于处理非HCP数据集
05-05
细化 人类Connectome项目（HCP）的工具适用于处理非HCP数据集 ciftify是一组三种类型的命令行工具： ：适用于HCP的命令行工具最小的处理管道，可将预处理的T1和fMRI数据放入类似HCP的文件夹结构中 ：用于简化cifty格式的命令行工具 ：可视化工具，这些工具使用connectome-workbench工具在fRML页面中一起创建当前主题的标准视图的png。 请查看我们的Wiki，以获取有关各个工具的更多详细信息！ 下载并安装 安装最新版本的python软件包 首先，安装python软件包及其所有捆绑的数据和脚本。 您可以使用一个带有pip的命令执行此操作。 请注意，最新版本的ciftify需要python 3（不再支持python 2）。 要使用pip进行安装，请在终端中键入以下内容。 pip install ciftify 有关其他安装选项，请参阅
MRtrix3：高级扩散MRI分析的强大工具箱
gitblog_00774的博客
11-08 451
MRtrix3：高级扩散MRI分析的强大工具箱 MRtrix3 是一个专为执行多种先进扩散磁共振成像（dMRI）分析而设计的开源工具集合，其核心编程语言主要是C++，辅以Python、Shell、CSS、MATLAB和少量C代码。这个项目致力于提供一套强大的工具，服务于神经影像学研究领域，特别是对那些寻求深入理解大脑连接组结构的研究人员来说，它是一个不可或缺的资源。 核心功能 MRtrix3具备一...
Ubuntu14.04下MRtrix3安装
jiangjiane
03-03 2377
MRtrix3简介及安装包下载：MRtrix3 1、安装MRtrix3前的依赖包需求 C++11 编译器 (GCC version >= 4.8, clang)Python version >= 2.7 zlib 压缩包Eigen version 3.2 (不要安装测试版)Qt version >= 4.7 [只需要GUI部分]，该部分是为了使用MRtrix3的GUI部分：mrview
【Windows下安装MRtrix3】
Aurora_1105的博客
10-06 1406
2.打印出URL以检查它是否符合预期（这应该报告类似https://github.com/MRtrix3/mrtrix3/releases/download/3.0.3/mingw-w64-x86_64-mrtrix3-3.0.3-2-x86_64.pkg.tar.zst的内容）在安装MSYS2是会得到MSYS2 MSYS，MSYS2 MINGW64及MSYS2 UCRT64，我们打开MSYS2 MINGW64，输入以下代码查看是否安装成功。安装MSYS2需要64位Windows 10或更高版本。
mrtrix3处理DTI数据代码——DWI数据进行概率追踪和纤维素追踪
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从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
09-19 1万+
mrtrix3处理DTI数据代码——DWI数据进行概率追踪和纤维素追踪 DWI预处理 1、数据准备 被试DWI和T1数据，均放置在同一文件夹/home/hitlab/hitlab/GS/data/tt1/text下。数据类型均为 DICOM 格式。 2、数据转换 原理说明：DWI的DICOM数据进行格式转换成mif格式，mif格式是MRtrix自定义的格式，同时储存图像 信息，图像头文件和梯度信息。 mrconvert /home/hitlab/hitlab/GS/data/tt1/text/DTI dwi
MRtrix3安装过程中，（系统版本：Ubuntu20）提示Project ERROR: Unknown module(s) in QT: svg
IMISSYOU_SOMUCH的博客
05-20 518
遇到这个问题不需要去安装Qt完整包（其实是博主安装过程中报了其他错误更加难受）在安装过程中，为解决Qt moc的错误，已经通过。本质上是缺少SVG模块，根据博文。
Matrix 3
猎荒者
03-11 993
So I won’t hesitate No more no more It cannot wait 0x00 环境准备 Kali-Linux（IP：10.10.16.128） Matrix 3 虚拟机 NAT 网络连接 0x01 主机发现 nmap -sP 10.10.16.0/24 0x02 端口扫描 nmap -A -v -sS -sV -p- -T4 10.10.16.151 ...
MRtrix3安装报错2则：Checking for Qt: ERROR: error linking Qt application!
mingrisanyang的博客
12-22 787
于是去github看了一下，发现很多人在提这个bug，现在还没有一个ubuntu下很好的解决方案（果断放弃）于是我选择源码编译的方法重新安装MRtrix3，但是官网目前找不到了，还好旧教程还在。查了一下，应该是安装的fsl和conda的包之间有冲突了，conda选择了冻结。反正很难解决，我换源，加channel什么的都试了，都没办法解决，我还是太菜了。当时看到一篇博文遇到一样的问题，可是怎么解决说的语焉不详，试了一下直接终端。参考这个步骤，如果你很顺畅的跑下来了，那么祝贺你下面不用看了。
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