r语言做绘制精美pcoa图_PCOA分析

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#r语言做绘制精美pcoa图

PCoA是一种非约束性的数据降维方法，用于研究样本的相似性或差异性。不同于基于欧氏距离的PCA，PCoA基于其他距离度量。本文介绍了如何使用R语言进行PCoA分析，包括输入样本距离矩阵和可选的样品分组信息，以及输出的PCoA结果文件和绘图。通过PCoA分析图，可以直观地理解样本间的关系，尤其是在提供分组信息时，不同颜色的点代表不同分组的样品，有助于解析影响因素。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

PCoA分析，即主坐标分析(principal co-ordinates analysis)，也是一种非约束性的数据降维分析方法，可用来研究样本的相似性或差异性，与PCA分析类似；主要区别在于，PCA基于欧氏距离，PCoA基于除欧氏距离以外的其它距离。PCoA分析，首先对一系列的特征值和特征向量进行排序，然后选择排在前几位的最主要特征值，并将其表现在坐标系里，结果相当于是距离矩阵的一个旋转，它没有改变样本点之间的相互位置关系，只是改变了坐标系统。

输入：

1、样本距离矩阵文件，可由分析模块“Generate distance matrix from fpkm matrix”生成。

示例：

T4    T5    T6    T7    T8    T9

T4    0       556.755292869315 548.144810678248 1840.00551404162 4595.29924214683 1500.48982692357

T5    556.755292869315 0       608.699577853257 1817.04805740656 4504.26458143164 1526.05178655135

T6    548.144810678248 608.699577853257 0       1768.22280076409 4633.56038886132 1354.17671707347

T7    1840.00551404162 1817.04805740656 1768.22280076409 0       3697.34366245185 1251.5445135536

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