转录组RNA-Seq使用docker+bioconda实现分析环境搭建

最新推荐文章于 2025-06-14 07:46:15 发布

weixin_39900139

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分类专栏： Rna-Seq 转录组生信分析

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_39900139/article/details/109005162

转录组RNA-Seq使用docker+bioconda搭建分析环境

前言

近期学习转录组分析，从ncbi下载数据，转成fastq，STAR/hisat2 map到基因组上，使用featureCount拿到表达矩阵文件挺顺利的，就是到了下游分析，开始使用R开始遇到了各种问题。

原因是之前一直使用的一个docker 环境是基于ubuntu 16.04的，上面的R版本是3.2.3，在进行下游分析的时候各种R包安装不上，原因也是R版本太旧。经历了各种问题之后终于忍无可忍，决心重新构建一个RNA-Seq的docker分析环境，本文作为记录以备后查。

基于docker构建环境

笔者使用docker的方式属于网上不推荐的方式，类似于虚拟机镜像。原因就是懒得去编写dockerfile，感觉太麻烦。

极速安装docker

#docker急速安装，快速完成不浪费时间
# curl  -sSfL get.docker.io -o get_docker.sh
# bash  get_docker.sh --mirror Aliyun

极速安装docker-compose

#从以下网址下载docker-compose，将docker-compose文件放在path变量目录下如：/usr/local/bin
https://github.com/docker/compose/releases

选择docker镜像并构建基础镜像

因为之前的Ubuntu16.04过于老旧，这里直接选择Ubuntu20.04的镜像

#拉取ubuntu20.04镜像
docker pull ubuntu:20.04

#获取docker镜像列表
docker images 或者 docker image ls

#确认docker镜像拉取完成之后，使用该镜像创建一个docker容器
docker run --name first -it ubuntu:20.04 /bin/bash

#运行完成之后进入容器中
root@80cb4d36be59#

#安装ssh等软件
root@80cb4d36be59# apt update && apt install openssh-server vim net-tools curl

#安装完成之后修改ssh配置文件，便于远程登录
root@80cb4d36be59# vim /etc/ssh/sshd_config

#修改如下几行并保存
Port 9020  #修改默认端口号(可选)
ListenAddress 0.0.0.0  #默认监听地址，所有地址
LoginGraceTime 2m      #允许用户登录耗时（可选）
PermitRootLogin yes    #允许root用户登录，docker默认用户是root用户

#修改默认root账户密码，便于ssh远程登录
root@80cb4d36be59# passwd root

#启动ssh服务
root@80cb4d36be59# service ssh start

# 获取容器ip地址，
root@b8080a125313:/# ifconfig
eth0: flags=4163<UP,BROADCAST,RUNNING,MULTICAST>  mtu 1500
        i