薛定谔 Maestro glide命令行小分子与蛋白对接使用流

loong_XL

已于 2024-01-03 19:49:27 修改

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分类专栏： CADD/AIDD 文章标签： python 机器学习开发语言

于 2023-02-23 15:03:43 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_42357472/article/details/129182105

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本文详细介绍了如何利用薛定谔Maestro的命令行工具进行小分子与蛋白质的对接操作。通过Python脚本驱动，结合机器学习技术，实现了高效精准的对接流程。内容覆盖了 glide 命令行参数设置、对接策略优化及结果分析，为药物发现和设计提供了实用的开发经验。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

"""
运行命令：
python maestro_command.py -grid_center 30 46 7 -dir "/home/loong/prosettac_new/FLT3_CRBN/test2" -ligandfile "/home/loong/prosettac_new/FLT3_CRBN/test2/FLT3_LIGAND.maegz"

参数：
-grid_center  口袋中心坐标
-dir 待处理蛋白文件夹路径
-ligandfile   制定配体小分子文件
"""
__author__ = "loong"
import argparse, os
import glob
import tqdm
import time

parser = argparse.ArgumentParser(description="Demo of argparse")
parser.add_argument('-grid_center','--grid_center',nargs='*', default='30.709811152542372,46.634797745762704,7.812123372881357',help='grid center coordinates')
parser.add_argument('-dir','--dir', default='',help='input file dir')
parser.add_argument('-ligandfile','--ligandfile', default='',help='ligandfile file ')
args = parser.parse_args()

grid_center = args.grid_center
grid_center_str = ",

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