前情提要:关于影像组学特征,网上大多数文献采用公开的pyradiomics包进行,想要了解有哪些特征,请移步官方文档,地址:https://pyradiomics.readthedocs.io/en/latest/
图像保存方式如下:
1、导入相关包:
import pandas as pd
import numpy as np
import radiomics
import skimage
import os
from radiomics import featureextractor
2、单个病例图像的组学特征提取(代码):
#提取单个特征
extractor = featureextractor.RadiomicsFeatureExtractor()#定义一个特征提取器
extractor.enableAllImageTypes()#设置图像类型:选择pyradiomics包里可以实现的所有图像类型,包括原始图像、指数变换、梯度变换、对数变换、小波特征、平方根、平方、lbp-2D、lbp-3D。
src_path = r'E:\pycharm\project\tiqu_features\multi\1.2-0\yanchi_src_tumor.nrrd'#存放原始图像的路径
label_path = r'E:\pycharm\project\tiqu_features\multi\1.2-0\yanchi_label_tumor.nrrd'#存放label标签的路径
###注意:原始图像和标签在同一个文件夹下
feature = extractor.execute(src_path,label_path)#提取特征
featureA = pd.DataFrame