影像组学分析流程中,图像分割之后的事(特征提取以及特征数据预处理)

前情提要:关于影像组学特征,网上大多数文献采用公开的pyradiomics包进行,想要了解有哪些特征,请移步官方文档,地址:https://pyradiomics.readthedocs.io/en/latest/
图像保存方式如下:
label是分割的标签;src是原始图像
1、导入相关包:

import pandas as pd
import numpy as np
import radiomics
import skimage
import os
from radiomics import featureextractor

2、单个病例图像的组学特征提取(代码):

#提取单个特征
extractor = featureextractor.RadiomicsFeatureExtractor()#定义一个特征提取器
extractor.enableAllImageTypes()#设置图像类型:选择pyradiomics包里可以实现的所有图像类型,包括原始图像、指数变换、梯度变换、对数变换、小波特征、平方根、平方、lbp-2D、lbp-3D。
src_path = r'E:\pycharm\project\tiqu_features\multi\1.2-0\yanchi_src_tumor.nrrd'#存放原始图像的路径
label_path = r'E:\pycharm\project\tiqu_features\multi\1.2-0\yanchi_label_tumor.nrrd'#存放label标签的路径
###注意:原始图像和标签在同一个文件夹下
feature = extractor.execute(src_path,label_path)#提取特征
featureA = pd.DataFrame
评论 2
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值