非模式生物富集分析

GO/KEGG/GSEA是生物信息学中最常见的富集分析方法之一,通常用于解读高通量数据的生物学意义。

GO:用于描述基因的生物学功能,包括:分子功能(MF:基因产物在分子层面的活性)、细胞组分(CC:基因产物所在的细胞结构或位置)、生物学过程(BP:基因参与的生物学事件);

KEGG:是一个整合了基因组、生化通路和疾病的数据库,以通路(Pathway)为核心,展示基因在代谢、信号转导等过程中的相互作用,包括:代谢通路(如糖酵解、TCA循环)、信号通路(如MAPK信号通路、PI3K-Akt通路)、疾病与药物(与疾病相关的通路及靶点);

GSEA是一种无需预先筛选差异基因的分析方法,通过评估预定义的基因集(如GO、KEGG中的术语)在全体基因排序中的分布趋势,判断其是否显著富集,适合检测微弱但一致的基因表达变化。

上述三种富集分析都离不开数据库,富集数据库的格式通常为【通路名称+该通路通路包含的基因列表】,模式生物通常都有现成的数据库(clusterProfile::org.db),例如人类、小鼠、拟南芥等,但非模式生物需要自己制作。

这里给大家推荐一个在线分析平台【掌上生信绘图平台(https://handybioplot.cn)】,目前包含了19个物种,只需要上传基因列表即可一键分析。如果平台没有自己感兴趣的物种也可以联系开发人员添加。

柱状图

气泡图

结果表

绘图参数

结果图片均提供了绘图参数,可以自由修改图片样式

任务列表

如果分析结果不满意,还可以修改参数重新提交分析,所有任务独立记录,可自由切换查看结果。

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