MIMIC-III数据库的介绍

MIMIC-III是一个开源的重症监护数据库,包含Philips CareVue和iMDSoft Metavision两个系统数据。本文介绍了其发展历史、主要数据表之一ADMISSIONS,包括HADM_ID、SUBJECT_ID、ICUSTAYS_ID等关键字段,以及数据提取的方法和注意事项。通过对ADMISSIONS表的分析,展示了如何统计入院、出院、死亡信息,并强调了数据去重的重要性。

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参考论文:Data Descriptor: MIMIC-III, a freely accessible critical care database(2020MIMIC,readen)
MIMIC-III(Medical Information Mart for Intensive Care III)是一个由MIT负责管理的基于重症监护室病人监测情况的医学开源数据集。
MIMIC-III包含了2001年至2012年期间入住ICU的成年患者(16岁或以上)的53423例不同住院患者的数据,还包含2001至2008年期间接纳的7870例新生儿的数据。

MIMIC的发展过程

有三个版本:MIMIC-II,MIMIC-III,MIMIC-IV

  1. MIMIC-II:2001-2008年的数据;数据来源为CareVue
  2. MIMIC-III:2001-2012年的数据;数据来源为Metavision和CareVue
  3. MIMIC-IV:2008-2019年的数据;数据来源为Metavision
    ?不同的数据来源对数据分析的影响?
    MIMIC数据库简介
    MIMIC-III 数据库包含来自两个不同的重症监护信息系统的信息:Philips CareVue 和 iMDSoft Metavision。这两个数据库以不同的方式存储数据。数据将被称为来自“CareVue(CV)”或“Metavision(NV)”,以区分不同的系统。
### 下载和安装 MIMIC-III 数据库的步骤 要下载和安装 MIMIC-III 数据库,可以按照以下步骤进行操作: 1. **访问 MIMIC-III 数据库下载页面** 首先,访问 [MIMIC-III 数据库的官方网站](https://mimic.physionet.org/),并点击进入数据库下载页面。在页面的右上角,使用你申请成功的账号登录。 2. **下载 MIMIC-III 数据集** 登录后,向下滚动页面至底部,找到 `MIMIC-III Clinical Database v1.4` 的下载选项。点击 "Download the ZIP file" 按钮,开始下载数据集的压缩文件。 3. **下载 MIMIC-III 数据库安装脚本** 在下载完数据集后,需要获取用于安装和处理数据库的脚本。这些脚本可以从 GitHub 上的 MIMIC-III 项目页面获取。访问 [MIMIC-III GitHub 页面](https://github.com/MIT-LCP/mimic-code),并克隆仓库或下载所需的脚本文件。 4. **安装 MIMIC-III 数据库** 下载完数据集和安装脚本后,可以使用 SQL 工具(如 PostgreSQL)导入数据。MIMIC-III 数据集包含多个表和文件,需要按照脚本的说明逐步导入。确保在导入过程中正确设置数据库架构和数据表结构。 5. **验证数据完整性** 数据导入完成后,建议运行一些测试查询以验证数据是否正确导入。例如,可以通过查询 `PATIENTS` 表来检查是否有患者记录,或者通过查询 `ICD9_CODE` 表来确认诊断代码是否完整。 ### 示例代码:验证 MIMIC-III 数据库的查询 以下是一个简单的 SQL 查询示例,用于验证 MIMIC-III 数据库是否正确导入: ```sql -- 查询 PATIENTS 表中的前 5 条记录 SELECT * FROM PATIENTS LIMIT 5; -- 查询 ICD9_CODE 表中的前 5 条记录 SELECT * FROM ICD9_CODE LIMIT 5; ``` ### 注意事项 - 在下载和安装过程中,确保网络连接稳定,以免中断下载。 - 如果遇到权限问题,确保你使用的账号具有足够的权限来访问和下载数据。 - 安装过程中,建议参考 MIMIC-III 官方文档和 GitHub 仓库中的说明,以确保正确配置数据库环境。 ###
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