weixin_45896923的博客

氢键是一种特殊的静电作用，是除范德华力外的另一种分子间作用力，在小分子(水、离子溶液等)及聚合物(DNA、蛋白质、无机材料等) 的三维结构和特性方面起着重要作用。本程序利用LAMMPS输出的dump文件，统计水中氢键数量。

数密度分布同密度分布一样作为一种重要的结构描述参数，在微观研究方法中成为判断局部结构变化的重要手段。本程序利用LAMMPS输出的dump文件，目标在于计算基液原子在距离纳米颗粒表面d埃位置的数密度分布情况。

回转半径作为一种重要的结构表征方法，在微观研究方法中成为确定聚合物或蛋白质形态及大小的重要手段。目前对回转半径计算的后处理软件比较少，本程序可助力快速实现Rg计算。本程序的主要表现在：💖：dump文件（包含Type、mol-ID以及x，y，z）💖：程序思路清晰，可根据自己需求在本程序基础上进行修改实现特性需求计算，特别是针对聚合物以及蛋白质分子等复杂结构。

键角分布函数作为一种重要的结构表征方法，在微观研究方法中成为确定物质结构演化规律以及拓扑结构状态的重要手段。虽然现有分子动力学后处理软件及程序包大都有键角分布函数计算的功能，但ADF的计算依旧存在一些问题，**主要表现在：**（1）操作简单的软件功能有限，不能满足需求；（2）部分软件ADF计算非常不准确；（3）能实现特点结构计算的程序包使用起来复杂，大都需要python一顿改，对新手不友好。