66Lesson1:酶预测大赛1

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分类专栏： Kaggle 文章标签： 人工智能
于 2022-11-13 12:11:31 首次发布
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本文介绍了参加酶预测大赛的意义，如工业、学术和个人层面的价值，并详细阐述了Kaggle平台、赛题详情、评价指标以及开发环境的搭建。通过数据探索，讨论了如何处理酶的耐热性问题，强调了数据预处理和公平竞赛的重要性。同时，提到了DeepDDG的在线服务以及使用VS Code进行代码调试的优越性。

目录

1. 参加比赛的意义

  • 工业界
    • 通过奖金方式，寻求业务痛点的解决方案。
  • 学术界
    • 提高学科影响力，比如某些大学的实验室。
  • 个人
    • 模型设计创新 & 快速解决问题能力 & 不断积累，减少试错成本。

八个步骤建模

  • 数据预处理：针对不同存储格式，如何处理、读进来
  • build_transform，dataset，dataloader，
    • albumentation 这个库基本包括了所有的数据增强
  • build loss
  • build metric
  • train one epoch
  • vaild/test one epoch
  • result post preprocess

2. Kaggle 平台介绍

3. 赛题介绍

酶稳定性预测，去识别出酶里面的一个耐热性的突变，

3.4 比赛目的

去预测各种酶变体的耐热性（熔化温度），

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蛋白质二级结构预测Linux,蛋白质稳定性预测工具-Rosetta ddg_monomer
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05-15 1526
蛋白质由于其来自于生命体的本质，在工业环境下通常是不稳定的。暂不提高温高压或者含有有机溶剂的极端环境，就是在室温下抑或保存在4度的冰箱中，很多蛋白质都会很快的发生聚集、失活。稳定蛋白质的方法有很多种，包括蛋白质工程，固定化，添加稳定剂等。蛋白质工程指的是对蛋白质进行基因改造，通过改变其结构来获得对包括pH，温度，有机溶剂等环境的耐受性。蛋白质工程通常可以采用三种策略，一种是定向进化，即在基因中随机...
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04-20 1842
我分别使用了如下三个数据集训练了三个11-fold xgb模型。数据集1数据集2数据集3和以下公共笔记本ensemble后得到最终结果。rosettarmsd第一点是利用三维坐标来构建突变残基的环境，例如相邻残基和突变残基之间的相对距离。第二点是，现有的服务器或模型，如Rosetta、FoldX、ESM等，在这场比赛中取得了不错的成绩。第三点是找到方法来区分野生型和突变型。在这次比赛中，很多公共笔记本都使用了野生型，但注意野生型和突变型的区别可能也会有所帮助。参考资料：[1]
过拟合 欠拟合 多项式回归模型 酶活性预测实战task
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酶活性预测实战task： 基于T-R-train.csv数据，建立线性回归模型，计算其在T-R-test.csv数据上的r2分数，可视化模型预测结果 加入多项式特征（2次、5次），建立回归模型 计算多项式回归模型对测试数据进行预测的r2分数，判断哪个模型预测更准确 可视化多项式回归模型数据预测结果，判断哪个模型预测更准确 import pandas as pd import numpy as np data_train = pd.read_csv('T-R-train.csv') data_train
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04-28 2568
D&D 在蛋白质数据库的非冗余子集中抽取了了1178个高分辨率蛋白质，使用简单的特征，如二次结构含量、氨基酸倾向、表面性质和配体；其中节点是氨基酸，如果两个节点之间的距离少于6埃（Angstroms），则用一条边连接。(DD数据集中节点是没有标签的，节点只有特征) PROTEIN 则是另一个蛋白质网络。任务是判断这类分子是否酶类。 NCI-1 是关于化学分子和化合物的数据集，节点代表原子，边代表化学键。NCI-1包含4100个化合物，任务是判断该化合物是否有阻碍癌细胞增长的性质。 用于抗癌..
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