R语言贝叶斯统计与结构方程模型生态环境应用——覆盖数据清洗、混合效应、空间时间系统发育分析、非线性建模与结果可视化等

本次内容包括回归及结构方程模型概述及数据探索;R和Rstudio简介及入门和作图基础;R语言数据清洗-tidyverse包;贝叶斯回归与混合效应模型;贝叶斯计数数据分析、贝叶斯空间、时间及系统发育相关数据分析;贝叶斯非线性数据分析;贝叶斯结构方程模型及统计结果绘图等。

第一章 夯实基础

1.复杂数据回归(混合效应)模型的选择策略

①科学研究中数据及其复杂性

②回归分析历史、理论基础

③回归分析基本假设和常见问题

④复杂数据回归模型选择策略

2.结构方程模型(SEM)生态领域应用简介

①SEM的定义、生态学领域应用及历史回顾

②SEM的基本结构

③SEM的估计方法

④SEM的路径规则

⑤SEM路径参数的含义

⑥SEM分析样本量及模型可识别规则

⑦SEM构建基本流程

3.如何通过数据探索避免常见统计问题

①数据缺失(missing value)②零值(zero trouble)③奇异值/离群值(outliers)④异质性(heterogeneity)⑤数据分布正态性(normality)⑥响应变量与预测变量间关系(relationships)⑦交互作用项(interaction)⑧共线性(collinearity)⑨样本独立性(independence)

第二章 R和Rstudio入门和绘图(含ggplot)

①R及Rstudio介绍:背景、软件及程序包安装、基本设置

②R语言基本操作,包括向量、矩阵、数据框及数据列表等生成和数据提取

③R语言数据文件读取、整理、结果存储

④R语言基础绘图(含ggplot):基本绘图、排版、发表质量绘图输出存储

第三章 R语言数据清洗-tidyverse包应用

①tidyvese简介:tidyr、dplyr、readr、%>%

②文件操作:不同格式文件读取、多文件同时读取

③数据筛选:行筛选、列筛选、条件筛选(字符操作)

④数据生成:数据合并、数据拆分、新数据生成(字符操作)

⑤长宽数据转换、空值(NA)等填充及删除、分组、排序及汇总

第四章 贝叶斯回归模型-回归、方差及协防差分析

①贝叶斯统计简介

②贝叶斯回归分析建模、模型诊断、交叉验证、预测和绘图

③贝叶斯回归分析多预测变量:回归、方差、协方差及交互作用

④贝叶斯回归模型的过度拟合、共线性、分类变量等

第五章 贝叶斯混合效应模型-数据分层和嵌套

①混合效应模型基本原理

②贝叶斯效混合应模型建模步骤及实现

③贝叶斯的预测和模型诊断

④贝叶斯混合效应模型的多重比较

⑤贝叶斯混合效应模型的方差分解

第六章 贝叶斯计数数据分析

①贝叶斯0,1数据分析:二项分布及伯努利分布

②贝叶斯泊松分布数据分析

③贝叶斯过度离散数据分析

④贝叶斯零膨胀数据分析

⑤贝叶斯截断数据分析

第七章 贝叶斯相关数据分析:时间、空间、系统发育相关数据

①贝叶斯回归模型方差异质性问题及解决途径

②贝叶斯时间自相关分析:线性及混合效应模型及时间自相关+方差异质性

③贝叶斯空间自相关分析:空间距离矩阵、空间邻接关系及矩阵

④贝叶斯系统发育相关分析

第八章 贝叶斯非线性关系数据分析:广义可加(混合)模型(BGAM/BGAMM)和非线性(混合)(BNLM/BNLMM)模型

①“线性”回归的含义及非线性关系的判定

②贝叶斯广义可加(混合效应)(GAM/GAMM)模型

③贝叶斯非线性(混合效应)(NLM/NLMM)模型

第九章 贝叶斯结构方程模型(BSEM)

①R语言贝叶斯SEM实现程序包blavaan和brms介绍

②案例:气候及生态位重叠程度对田鼠物种丰富度影响:模型比较、直接和间接效应计算(blavaan&brms)

③案例:火烧后对植被恢复影响因素-模型拟合、模型比较和评估(brms)

④案例:生物地理历史因素对北半球森林的初级生产力的影响(brms)

第十章 超越贝叶斯统计:因果推断

①因果推断概述-因果关系之梯

②因果推断实现(DAG)

③贝叶斯回归VS贝叶斯网络-揭开因果迷雾

第十一章 贝叶斯统计结果绘图

①贝叶斯分析结果数据提取和绘图准备

②贝叶斯回归模型结果图:散点图、预测图、箱线图、柱状图、提琴图、密度图及峰峦图等

③贝叶斯结构方程模型结果图表达


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