ggsignif报错:Can only handle data with groups that are plotted on the x-axis

最新推荐文章于 2024-08-16 08:23:45 发布

菠萝笋

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文章标签： r语言

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_52269481/article/details/130346631

文章讲述了在使用R语言ggplot2包进行数据可视化时遇到的一个错误，即`geom_signif`无法处理不在x轴上的分组数据。作者通过排查发现是由于在`geom_boxplot`中定义了映射关系导致的问题，并提供了两种修正方法，确保`geom_signif`能正确读取数据。修复后的代码使得图表能够正确显示比较显著性。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

今天遇到一个简单的报错，随手记录一下，数据就不展示了。报错代码如下：

compaired <- list(c("lfmm","genome"),
              c("rda","lfmm"),
              c("ad", "rda"),
              c("rda","genome"),
              c("ad","lfmm"),
              c("ad","genome"))

ggplot(plotdata)+
    geom_boxplot(aes(x=group,y=fst,fill=group))+
    geom_signif(comparisons = compaired,
                step_increase = 0.1,
                map_signif_level = T,
                test = wilcox.test)+
    scale_fill_manual(values = c('#FFA397','#FF847CFF','#D15657FF','#96281BFF'))+
    theme_bw()


Error in f(...) : 
  Can only handle data with groups that are plotted on the x-axis

简单排查之后发现映射关系被我写在了geom_boxplot()里面，因此geom_signif()无法读取数据，正确的写法应该如下：

compaired <- list(c("lfmm","genome"),
              c("rda","lfmm"),
              c("ad", "rda"),
              c("rda","genome"),
              c("ad","lfmm"),
              c("ad","genome"))
##写法1
ggplot(plotdata,aes(x=group,y=fst,fill=group))+
   geom_boxplot()+
   scale_fill_manual(values = c('#FFA397','#FF847CFF','#D15657FF','#96281BFF'))+
   geom_signif(comparisons = compaired,
               step_increase = 0.1,
               map_signif_level = F,
               test = wilcox.test)+
   theme_bw()

##写法2
ggplot(plotdata)+
   geom_boxplot(aes(x=group,y=fst,fill=group))+
   scale_fill_manual(values = c('#FFA397','#FF847CFF','#D15657FF','#96281BFF'))+
   geom_signif(aes(x=group,y=fst,fill=group),
               comparisons = compaired,
               step_increase = 0.1,
               map_signif_level = F,
               test = wilcox.test)+
   theme_bw()