空间转录组+单细胞核+单细胞ATAC联合分析揭示人心肌梗死多组学图谱

英文题目：Spatial multi-omic map of human myocardial infarction
发表时间：2020年12月

单细胞测序技术分辨率和检测通量的大幅度提高，使得研究者能够在单细胞分辨率上得到细胞之间的异质性，而空间转录组则为研究者提供了组织中细胞所处的空间信息，及组织中不同区域的细胞构成和基因表达状态，但由于最新的空间转录组技术还达不到单细胞的分辨率，因此目前比较常见的是空间转录组联合单细胞测序技术一起应用。 冠状动脉心脏病导致的急性心肌梗死(MI)是心血管疾病死亡的最大原因，也是全球所有死亡的主要原因。MI的急性治疗取得了巨大进展，主要集中在经皮冠状动脉介入治疗，从而降低了急性死亡率。然而，心肌梗死后左心室重塑引起的发病率和死亡率仍然高得不能接受。心肌梗死后的心脏重塑包括免疫细胞招募和梗死区域的划分，随后是组织消化、吞噬、肌成纤维细胞活化、疤痕形成和新生血管形成。理解从急性缺血事件到慢性心脏瘢痕形成的心脏重构过程的确切细胞和分子机制将是开发新的治疗方法的关键。 在这项研究中，作者使用了单细胞基因表达和染色质可及性技术的结合，以及空间分辨转录组学来研究基因调控的细胞类型特异性变化，提供了心肌梗死后心脏重构的整合图。这揭示了在健康和疾病中控制特定心脏细胞类型的基因调控网络。作者将这些信息投射到特定的组织位置，从而使作者能够在空间上绘制控制基因调控的假定增强子，例如心肌边界区。这反过来又使作者能够获得新的见解，了解在心脏瘢痕形成过程中驱动成纤维细胞向肌成纤维细胞分化的基因调控程序。实验结果提供了一个全面的空间解决表征基因调控的人心脏在稳态和心肌梗死后，并****鉴定和验证了驱动心脏纤维化的成纤维细胞向肌成纤维细胞分化的机制。本文的研究提供了一个完整的人心肌梗死的分子图谱，并为心脏疾病的机制和治疗研究的进展提供了参考。

研究结论

本文研究提供了关于心脏细胞类型及其对人类心脏缺血损伤的反应的详细见解。作者观察到在局部细胞因子表达的指导下，局部免疫细胞群的流入可以早期划分梗死区域。在受伤心肌周围的边界区，受伤和未受伤的细胞类型之间确实有明显的界限。不同位置的心肌细胞边界显示出不同的基因表达模式和基因调控谱，包括增强子可及性。心肌梗死后的晚期重塑是由成纤维细胞纤维化驱动的，在明显的疤痕中，疤痕周围有新血管生成的区域。本实验的数据为MI后人类心脏肌成纤维细胞分化提供了新的见解，独特的基因表达和基因调控程序驱动这一过程，包括RUNX1作为TGFβ信号的放大器。提供了一种新的策略将单细胞技术和空间转录组技术结合开展时空多维解决生物问题，为肿瘤疾病的预防治疗和机制探讨提供了技术平台。

实验材料

材料：4例心肌梗死患者、1例健康供者，8例左心室组织标本；非移植供体心脏(对照，C)与急性心肌