科研党必看！10 分钟学会 Aspera，测序数据下载速度提升 100 倍
你是否经历过这样的崩溃时刻：
为了分析 PRJNA1063518 项目的 20 个测序样本，用 SRA Toolkit 下载，300M 的网络下，单个样本（20G）要下 4 小时，批量下载还经常断连，重下又要从头开始？
如果告诉你，有一款工具能把下载时间压缩到 20 分钟，还支持断点续传，你会不会立刻想学会？
它就是Aspera—— 科研领域 “大文件传输的天花板”，今天从 “原理→安装→实战” 全拆解，新手也能直接上手。
一、先搞懂：Aspera 到底是什么？为什么这么快？
很多人只知道 Aspera “快”，但不知道它快在本质。先花 2 分钟搞懂核心，后续用起来更顺手。
1. Aspera 的定位：专为 “大文件 / 远距离” 而生
Aspera 是 IBM 旗下的高速数据传输工具，核心应用场景就是超大规模文件传输—— 比如几十 G 的测序数据、几百 G 的影像文件，或是跨国家实验室的协作数据交换。
它不像 SRA Toolkit 那样 “绑定 NCBI”，而是通用的传输工具，在 ENA（欧洲核苷酸档案）、EBI（欧洲生物信息研究所）等科研数据库中，都被官方推荐用于下载原始数据。
2. 快的关键：FASP 技术，颠覆传统 TCP 传输
传统下载工具（比如 SRA Toolkit、FTP、HTTP）都基于TCP 协议，这个协议有个致命缺点：
- • 一旦网络出现轻微丢包（哪怕 1%），就会大幅降低传输速度（怕传错数据，不敢 “全速跑”）；
- • 远距离传输时，TCP 的 “拥塞控制” 会更保守，速度直接腰斩。
而 Aspera 用的是FASP 协议（基于 UDP） ，相当于给数据传输装了 “涡轮增压”：
- • 丢包不怕：只重传丢包的部分，不影响整体速度；
- • 带宽榨干：动态检测网络最大带宽，比如 300M 的网，能跑到 280M（TCP 最多跑 150M）；
- • 安全不减速：用 AES-256 加密数据，却不影响传输速度（TCP 加密会慢 30%+）。
这就是为什么同样下 20G 的测序数据，SRA Toolkit 要 4 小时，Aspera 只要 20 分钟 ——不是网络变快了，是传输协议换了 “赛道” 。
二、对比 SRA Toolkit：什么时候该用 Aspera？
很多人会问：“SRA Toolkit 是 NCBI 官方的，我为什么要换 Aspera？”
答案很简单：看你的需求场景。先看一张对比表，再给选择建议：
| 对比维度 | Aspera | SRA Toolkit |
|---|---|---|
| 核心优势 | 速度快（10-100 倍）、支持批量下载 | 官方工具、可直接转 SRA 为 Fastq |
| 适用数据量 | 单样本 > 5G、批量样本（>10 个） | 单样本 < 5G、需转格式的场景 |
| 依赖网络 | 对丢包不敏感（适合远距离 / 差网络） | 依赖稳定网络（丢包易断连） |
| 输出格式 | 直接下载 Fastq（无需转格式） | 先下 SRA 格式，再转 Fastq |
| 安装复杂度 | 稍高（需配环境变量） | 低（conda 一键装） |
选择建议：
- 1. 如果你只下 1-2 个小样本（<5G），且需要把 SRA 转成 Fastq—— 用 SRA Toolkit（方便）；
- 2. 如果你下批量样本（>10 个）或大样本（>5G），不管要不要转格式 ——必用 Aspera（省时间，直接下 Fastq，不用转格式）；
- 3. 如果你在偏远地区 / 网络不稳定 —— 用 Aspera（断连后能断点续传，SRA Toolkit 要从头下）。
三、安装 Aspera：2 种方案，新手推荐 Conda（避坑版）
Aspera 的安装有两种主流方式：Conda 安装（推荐，新手友好） 和直接下载安装包（备选，无 Conda 时用） 。
先讲推荐的 Conda 方案，每一步都有命令和注释，复制粘贴就能跑。
方案 1：Conda 安装（推荐，避免环境冲突）
Conda 的优势是 “隔离环境”，不会和你电脑里的其他软件冲突，新手必选。
步骤 1：检查 Conda 是否安装
先打开 Linux 终端，输入以下命令，看是否有 Conda 版本输出（比如 conda 23.10.0）：
conda --version
- • 如果提示 “command not found”：先装 Miniconda（轻量版，适合科研），命令如下（复制粘贴，一路按回车）：
# 下载Miniconda（Linux 64位，其他系统可换链接）
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py38_23.10.0-1-Linux-x86_64.sh
# 安装Miniconda（一路按回车，最后输入yes确认）
bash Miniconda3-py38_23.10.0-1-Linux-x86_64.sh
# 激活Conda（关闭终端重开，或执行以下命令）
source ~/.bashrc
步骤 2：创建 Aspera 专属环境（关键！避冲突）
不要用 base 环境装！创建一个专门的环境，后续出问题不影响其他软件：
# 创建名为aspera的环境，用Python 3.8（兼容性最好）
conda create -n aspera python=3.8 -y
# 激活aspera环境（后续操作都在这个环境里）
conda activate aspera
- • 激活后，终端前面会出现
(aspera)，表示在专属环境里了。
步骤 3：Conda 安装 Aspera（一键搞定）
Aspera 在 bioconda 频道里，直接用 conda 装，不用手动找安装包：
# 从bioconda频道安装aspera-connect（版本会自动选最新稳定版）
conda install hcc::aspera-cli -y
步骤 4：验证安装 + 配置环境变量（新手最容易漏的一步）
安装后，先检查是否能调用ascp（Aspera 的核心命令）：
ascp --version
- • 如果提示 “ascp: command not found”：说明环境变量没配，按以下步骤配（复制粘贴）：
# 1. 找到Aspera的安装路径（Conda环境里的路径）
# 执行后会输出路径，比如\~/miniconda3/envs/aspera/bin
find ~ -name "ascp" | grep "envs/aspera" | xargs dirname
# 2. 把路径写入环境变量（替换下面的\[你的路径]为上一步输出的路径）
echo 'export PATH=[你的路径]:$PATH' >> ~/.bashrc
# 3. 激活环境变量（不用重启终端）
source ~/.bashrc
# 4. 再次验证（如果输出版本号，比如ascp version 4.2.6，就成功了）
ascp --version
方案 2：直接下载安装包（备选，无 Conda 时用）
如果你的电脑没装 Conda，或不想用 Conda，用这个方案（步骤稍多，但也不难）。
步骤 1：下载对应系统的安装包
先看你的 Linux 是 32 位还是 64 位（几乎都是 64 位）：
uname -m # 输出x86_64就是64位
然后下载 64 位安装包（用 wget 直接下，或去官网下）：
# 下载最新版（如果链接失效，去官网https://www.ibm.com/products/aspera-connect找）
wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/4.2.6/aspera-connect-4.2.6.113-linux-64.tar.gz
步骤 2：解压 + 安装
# 解压安装包（会生成aspera-connect-4.2.6.113-linux-64.sh）
tar -zxvf aspera-connect-4.2.6.113-linux-64.tar.gz
# 执行安装脚本（一路按回车，最后输入yes）
bash aspera-connect-4.2.6.113-linux-64.sh
- • 安装成功会提示：
Installing Aspera Connect 4.2.6... done.，默认装在~/.aspera/connect/。
步骤 3：配置环境变量 + 验证
和 Conda 方案的步骤 4 一样，配环境变量：
# 写入环境变量（默认安装路径）
echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
# 激活环境变量
source ~/.bashrc
# 验证（输出版本号就成功）
ascp --version
四、实战：用 Aspera 下载 PRJNA1063518 原始数据（从 0 到 1）
学会安装后，最核心的是 “怎么找到下载链接” 和 “怎么用命令下载”。以 PRJNA1063518（NCBI 的 SRA 项目，包含多个肠道微生物测序样本）为例，一步一步教。
前置知识：Aspera 下载的 “链接规则”
Aspera 下载需要知道 “两个东西”：
- 1. 服务器地址：ENA 的 Aspera 服务器是
era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk（固定的，不用改）； - 2. 文件路径：ENA 的原始数据路径规则是
/vol1/fastq/[SRR前6位]/00[SRR最后1位]/[完整SRR号]/。比如 SRR 号是 SRR28123456：
- • SRR 前 6 位：SRR281；
- • SRR 最后 1 位：6；
- • 完整路径：
/vol1/fastq/SRR281/006/SRR28123456/。
所以，整个下载地址就是：era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR281/006/SRR28123456/。
步骤 1：获取 PRJNA1063518 的所有 SRR 号
首先要知道这个项目下有哪些样本（即 SRR 号），有两种方式：网页版（新手友好） 和命令行版（批量高效） 。
方式 1：网页版（ENA 网站，可视化操作）
- 1. 打开 ENA 官网：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home；
- 2. 在搜索框输入
PRJNA1063518，点击搜索；
- 3. 点击展开 “Show Column Selection”；
- 4. 只勾选所有 "fastq_aspera" 选项，并点击上方的 “TSV”，会下载一个文件，里面有所有样本的下载地址。
5.打开下载的文件，全选粘贴到Excel表格里面，删除第一列，然后点击‘A’——>‘数据’——>'分列'，然后点击‘下一步’——>'勾选分号'——>'完成'，这样你就得到了两列，然后将'B'列的内容粘贴到'A'列下面，最后按照‘升序’排序。最终，全选并复制文档（除去第一列表头），然后粘贴到‘sra_runs.txt’文本文件中。每一行代表一个单端序列链接。
方式 2：命令行版（用 edirect 工具，批量获取）
如果样本多（>20 个），用命令行更高效：
# 1. 先安装edirect（NCBI的工具，用于查询SRA数据）
conda install -c bioconda edirect -y
# 2. 查询PRJNA1063518的所有SRR号，保存到sra_runs.txt
esearch -db sra -query PRJNA1063518 | efetch -format runinfo | cut -d ',' -f 1 | grep -v Run > sra_runs.txt
# 3. 查看文件（会看到所有SRR号，每行一个）
cat sra_runs.txt
步骤 2：单个样本下载（先练手）
以 SRR28123456 为例，先试单个下载，熟悉命令。
核心命令（复制粘贴，改 SRR 号即可）
# 先创建一个存放数据的文件夹（避免混乱）
mkdir -p ~/PRJNA1063518_rawdata
cd ~/PRJNA1063518\_rawdata # 进入文件夹
# 下载命令（关键！改SRR号为你的样本号）
ascp -QT -l 300m -P 33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR281/006/SRR28123456/ ./
命令参数解释（新手必看，知道为什么这么写）
| 参数 | 作用 | 新手建议 |
|---|---|---|
-k 2 | 断点续传 | 建议加上，如果下载中断，再次运行能接着下载 |
-QT | 禁用进度条 + 禁用加密（加速下载） | 必加，能快 10%-20% |
-l 200m | 限制带宽为 200Mbps（避免占满网络） | 按你的网络改，比如 500M 网写 500m |
-P 33001 | 用 Aspera 的默认端口（避免被防火墙拦截） | 固定 33001，不用改 |
-i [私钥路径] | 指定 Aspera 的私钥（验证身份用） | 路径固定：~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh |
era-fasp@... | ENA 的服务器地址 + 文件路径 | 改 SRR 号对应的路径即可 |
./ | 下载到当前文件夹（即 PRJNA1063518_rawdata） | 不用改，或指定其他路径（比如～/data/） |
下载成功的标志
终端会输出类似这样的信息：
SRR28123456_1.fastq.gz 100% 20.5GB 300Mbps 00:00:00
表示 20.5GB 的文件，用 300Mbps 的速度下完了，耗时 0（实际是 11 分钟左右）。
步骤 3：批量下载所有样本（高效版）
如果有 10 个以上样本，手动改命令太麻烦，写个循环脚本批量下载。
脚本 1：用网页版下载的 aspera_download.txt
如果从 ENA 网页下载了sra_runs.txt，里面有所有下载地址，直接循环读取：
# 进入数据文件夹
cd ~/PRJNA1063518_rawdata
# 批量下载脚本（逐行读取下载地址）
while read line; do
# line就是每个样本的下载地址（比如era-fasp@...）
ascp -k 2 -QT -l 200m -P 33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh $line ./
done < ~/Downloads/sra_runs.txt # 替换为你的sra_runs.txt路径
脚本 2：用命令行生成的 sra_runs.txt
如果只有 SRR 号列表（sra_runs.txt），用脚本自动拼路径：
# 进入数据文件夹
cd ~/PRJNA1063518_rawdata
# 批量下载脚本（自动拼路径）
while read srr; do
# 提取SRR前6位（比如SRR28123456→SRR281）
srr_prefix=${srr:0:6}
# 提取SRR最后1位（比如SRR28123456→6）
srr_suffix=${srr: -1}
# 拼完整路径，执行下载
ascp -k 2 -QT -l 300m -P 33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/$srr_prefix/00$srr_suffix/$srr/ ./
done < ~/sra_runs.txt # 替换为你的sra_runs.txt路径
批量下载的小技巧
- • 后台运行：如果样本多，想让它后台下载（关闭终端也能继续），在命令前加
nohup和&：
nohup bash 你的脚本.sh > download.log 2>&1 &
- • 查看进度：用
tail -f download.log查看下载日志，或用du -sh ~/PRJNA1063518_rawdata看文件夹大小变化。
五、新手必看：3 个常见问题 + 避坑指南
用 Aspera 时，新手最容易遇到 3 个问题，提前避坑！
问题 1：提示 “Permission denied (publickey)”（权限错误）
- • 原因：私钥路径错了，Aspera 找不到验证身份的私钥。
- • 解决：确认私钥路径是
~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh，用以下命令找私钥：
find ~ -name "asperaweb_id_dsa.openssh" # 找到后替换到命令里的-i参数后
问题 2：提示 “Connection refused”（连接失败）
- • 原因：端口 33001 被防火墙拦截，或 ENA 服务器暂时不可用。
- • 解决：
- 1. 先测端口是否通：
telnet ``fasp.sra.ebi.ac.uk`` 33001（能通会提示 Connected）； - 2. 若不通，换端口（试试 33002）：把命令里的
-P 33001改成-P 33002； - 3. 若还不通，等 10 分钟再试（ENA 服务器偶尔维护）。
问题 3：下载速度慢（只有 10-20Mbps）
- • 原因：带宽限制设低了，或没加
-QT参数。 - • 解决：
- 1. 把
-l 200m改成更高的数值（比如你的网是 1G，改-l 1g）； - 2. 确保命令里加了
-QT参数（禁用加密和进度条，能提速）； - 3. 避开高峰期（欧洲白天是 ENA 服务器的高峰期，中国晚上下载更快）。
六、总结：Aspera 的核心价值，不止是 “快”
看到这里，你可能会说：“我学会用 Aspera 下载数据了，但它还有其他用吗？”
当然有！Aspera 的核心价值是 “解决大文件传输的效率痛点”，除了下载测序数据，还能：
- 1. 传数据到实验室服务器：比如把本地分析好的 100G 结果传给导师的服务器，用 Aspera 只要 10 分钟；
- 2. 跨平台协作：和国外实验室共享数据，不用等几天，几小时就能传完；
- 3. 下载其他大文件：比如 TCGA 的影像数据、千人基因组计划的原始数据，都能用 Aspera 加速。
最后，送新手一句话：科研中 “工具选择” 比 “埋头干活” 更重要—— 用对 Aspera，省下的时间能多跑一次实验、多改一篇论文。
如果在使用中遇到问题，欢迎在评论区留言，我会一一回复！
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