2023NAR数据库特刊：单细胞数据库合辑

最新推荐文章于 2024-11-23 23:57:10 发布

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分类专栏：工具&数据库文章标签：数据库

本文链接：https://blog.csdn.net/wen05054105/article/details/129381274

2023年NAR数据库特刊发布了多个单细胞数据库，包括ABC Portal、AgeAnno、HTCA等，涵盖衰老、发育、细胞交互等多个研究方向，提供在线分析和丰富的数据资源，助力生物学研究。

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今年1月2023 Nucleic Acids Research Database Issue上线，包含178 篇涉及生物学和相关领域的论文：其中90篇论文报告了新数据库；82篇更新了该期先前发表的资源；6篇提供了最近在其他期刊发表的数据库的更新。

2023NAR特刊-单细胞数据库合辑

ABC Portal

ABC portal是ABC研究计划的重要组成部分，共计收录了国际上公开发表的198套人和小鼠的血液/免疫相关的单细胞转录组数据集，涉及文献150篇，涵盖了血液/免疫细胞的发育、分化和疾病相关的大量数据，数据来源覆盖了骨髓、外周血、胎肝等各种造血组织。为了方便用户对数据进行探索分析，所有数据都使用人工矫正后的单细胞参考数据进行了统一注释。

ABC portal提供基于网页的交互式分析模块，可进行基因表达、细胞比例、细胞相互作用和疾病相关的基因特征分析。特别是，ABC portal支持基于样本信息的个性化的样本筛选，细胞类型筛选，并对筛选后的数据进行进一步分析；支持跨数据集的比较分析。交互设计简洁易操作，分析内容多样，并且可以设置个性化参数以满足不同的数据分析目的。

数据库地址：

👉 http://abc.sklehabc.com

AgeAnno

AgeAnno是一个综合性的数据库，旨在通过使用scRNA-seq和scATAC-seq测序数据为人类不同组织细胞类型的衰老相关基因提供全面的特征。

当前版本的AgeAnno包含来自28个健康组织样本的1678610个细胞，年龄从0到110岁不等。开发团队从以往的资源中收集了5580个衰老相关基因，并对细胞环境进行了动态功能注释。对于scRNA-seq数据，开发团队进行了包括差异基因表达、基因变异系数、细胞通信网络、转录因子(TF)调节网络和免疫细胞比例的分析。AgeAnno还提供差异染色质可及性分析，motif/TF富集和足迹分析，以及scATAC-seq数据的共同可及性峰值分析。我们还提供针对衰老相关基因的疾病和药物。AgeAnno将成为系统表征人类不同组织细胞类型中衰老相关基因的独特资源，有助于抗衰老和衰老相关疾病的研究。