
宏基因组
文章平均质量分 92
刘永鑫Adam
刘永鑫,中国农科院基因组所研究员,iMeta期刊执行主编,宏基因组公众号创始人。主要研究方向为微生物组研究方法、食品组与微生物组功能研究和科学传播,在Science、Nature Biotechnology、Nature Microbiology、Cell Host & Microbe等期刊发表论文40余篇,被引9000余次。主编《微生物组实验手册》专著,由300多位同行参与,共同打造本领域长期更新的中文百科全书。创办宏基因组公众号,14万+同行关注,分享原创文章3千余篇,累计阅读量超3千万,打造本领域最具影响、服务同行的科学传播平台,免费发布您团队的成果、方法、经验、招生招聘,欢迎投稿。
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多快好省的宏基因组研究技巧 — 资深专家分享
近年的研究热点集中于环境和生物体相互作用的微生物群体,而大量复杂的微生物群体存在培养困难,构成复杂(包括细菌、古菌、真菌、原生生物、病毒甚至小型真核生物)。因此如何用高通量精准的了解这些群体的构成,基因功能分布以及具体的表达活性和代谢状况成为首要问题。高通量测序技术的发展,让我们可以不经过培养,一次性了解微生物群落构成甚至基因代谢组成。随着技术的进步,检测方法也逐渐丰富,对应的分析手段...原创 2020-04-29 11:27:13 · 5614 阅读 · 0 评论 -
宏基因组数据提交GSA实操手册—发表文章前必备技能
文章目录GSA简介开始前准备:注册/登陆新建BioProject数据上传批量提交样本信息01 提交者信息02 基本信息03 样本类型04 样本属性05 元数据信息实验样品信息测序样品信息06 文件上传07概况信息常见问题数据上传速度上传Clean data还是Raw data上传宏基因组数据是否要去除宿主猜你喜欢写在后面GSA简介GSA是Genome Sequence Archive的缩写,即...原创 2020-02-21 15:27:49 · 7098 阅读 · 0 评论 -
NBT:人类微生物组千万基因的参考基因集
文章目录人类肠道中整合参考基因集热心肠日报摘要要点 Main结果Results构建整合基因集图1. IGC的构建整合基因集的质量和完整度图2. IGC覆盖度IGC中的物种图3. 3CGC改善基因组覆盖度肠道微生物的功能组成国家特异的标记图4. 中丹人肠道微生物差异个体特异的基因图5. 低频基因的功能图6. 低频基因的时间稳定性。讨论方法样品收集和转移样品DNA提取DNA文库的构建和测序公共数据重用...原创 2019-11-21 20:00:11 · 3766 阅读 · 0 评论 -
Nature:基于宏基因组测序构建人类肠道微生物组参考基因集
文章目录基于宏基因组测序构建人类肠道微生物组参考基因集文章影响作者简介热心肠日报摘要正文宏基因组测序肠道微生物组图1. 人类肠道微生物组的覆盖度人类肠道微生物组的基因集图2. 预测人体肠道微生物组中的ORF常见核心细菌图3. 57种高频微生物基因组在个体中的相对丰度的分布图4. IBD病人和健康个体细菌物种丰度的差异流行基因集编码的功能细菌功能对肠道的生命至关重要图5:含有枯草芽孢杆菌必需基因的簇...原创 2019-11-16 23:01:53 · 9747 阅读 · 1 评论 -
COB:自然界的循环利用-厌氧微生物群落推动着自然生物质的降解
文章目录自然界的循环利用:厌氧微生物群落推动着自然生物质的降解摘要前言 Introduction“组学”工具揭示了厌氧微生物群落的多样性厌氧群落的宏组学已发现大量碳水化合物活性酶CAZymes真菌的纤维素体表现出令人印象深刻的纤维素水解活性转录组学揭示了微生物的协同作用和酶的调节基因组级代谢模型存在于一组有限的厌氧菌中厌氧生物群落的代谢和空间相互作用可通过生物信息学进行模拟结论与展望Referen...原创 2019-11-01 21:42:17 · 2469 阅读 · 0 评论 -
mSystem:鸟枪法宏基因组测序之外我们还能做什么
文章目录鸟枪法宏基因组测序之外摘要关键词前言耦合稳定性同位素示踪与基因组分辨的宏基因组学靶向探索“微型宏基因组”链接可移动元件与微生物宿主Reference猜你喜欢写在后面[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-jpi4JEIt-1572333402500)(http://210.75.224.110/Note/LiuYongXin/190514msyste...原创 2019-10-29 15:17:05 · 1627 阅读 · 0 评论 -
ISME:Micrarchaeota和Parvarchaeota古菌门的代谢多样性
文章目录Micrarchaeota和Parvarchaeota古菌门的代谢多样性导读摘要1 背景2 材料和方法2.1 公共数据库中的ARMAN基因组和相关的宏基因组2.2 研究地点、取样、DNA提取和测序2.3 宏基因组组装和基因组分箱2.4 ARMAN相关基因组序列的鉴定2.5 基因组分箱的分析2.6 感兴趣基因的系统发育分析3 结果与讨论3.1 宏基因组组装基因组和RNA转录本3.1.1 由宏...原创 2019-10-15 09:29:46 · 2458 阅读 · 0 评论 -
Nature子刊:Salmon不比对快速宏基因组基因定量
文章目录Salmon:使用双阶段推理对转录本表达进行快速且有偏差意识的量化导读摘要主要结果图1. Salmon与同类软件对比的表现扩展阅读猜你喜欢写在后面[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-z99b05b8-1570846968290)(http://210.75.224.110/Note/LiuYongXin/170306NM/0.jpg)]Salm...原创 2019-10-12 10:22:56 · 3846 阅读 · 0 评论 -
NBT:宏基因组中设计全面可扩展探针捕获序列多样性
文章目录宏基因组中设计全面可扩展探针用于捕获序列多样性写在前面热心肠日报摘要图1. 使用CATCH设计探针组图2. 捕获后宏基因组分布的改变,基因组覆盖和装配改善图3. 改进样品多样性的检测和保留图4. 利用捕获技术的基因组应用:2018年拉沙热爆发未分类样本中感染的测序Reference猜你喜欢写在后面宏基因组中设计全面可扩展探针用于捕获序列多样性Capturing sequence di...原创 2019-02-18 21:27:44 · 1464 阅读 · 0 评论 -
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(190301)
欢迎点击上方蓝色"宏基因组"关注我们!本文“宏基因组”原创,更多文章点我跳转公众号阅读宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的科研成果和技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。本公众号每日推送,工作日分享宏基因组领域科研思路、实验和分析技术,理论过硬实战强;周末科普和生活专栏,...原创 2019-03-01 08:29:31 · 2253 阅读 · 0 评论 -
Nature:TEDDY计划中幼儿肠道微生物组随时间的发育
文章目录Nature:TEDDY研究计划中的幼儿肠道微生物组随时间的发育热心肠日报研究总结研究结果研究方法研究人群16S rRNA 基因测序宏基因组鸟枪测序统计分析拓展阅读译者简介猜你喜欢写在后面Nature:TEDDY研究计划中的幼儿肠道微生物组随时间的发育Temporal development of the gut microbiome in early childhood from ...原创 2019-03-03 19:15:32 · 3609 阅读 · 0 评论 -
Microbiome:土壤微生物群落对有机和无机土壤改良剂和细菌入侵的恢复力
文章目录土壤微生物群落对有机/无机土壤改良剂和细菌入侵的恢复力摘要背景结果结论研究背景图1 矿质肥料和蔗渣的施用时间及本研究的主要结果研究结果土壤微生物多样性及组成多次脉冲扰动在时间序列上对土壤微生物群落的影响图2 蔗渣和氮肥施用后微生物群落组成动态与非生物因素有关的类群气候条件,土壤分析和二氧化碳排放图3 环境因子和微生物群落的冗余分析蔗渣微生物群落对土壤微生物群落的影响图4 施用蔗渣后土壤中蔗...原创 2019-03-24 22:13:13 · 3956 阅读 · 0 评论 -
2019微生物组—宏基因组分析技术专题研讨会第四期
文章目录课程简介课程大纲一、分析平台搭建二、生信基础三、图表解读和绘制专题四、宏基因组学概述五、宏基因组学有参分析流程六、宏基因组无参分析流程七、高级分析与可视化实战学习完本课程,你能得到什么?主讲教师往期课程瞬间助教团队授课模式培训时间授课地点课程价格课程福利在广大粉丝的期待下,《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年6月21-23日,北京鼓楼推出《宏基因组分析》专题培训第四期,为大家提供一...原创 2019-03-27 06:59:28 · 995 阅读 · 0 评论 -
Cell子刊:人类微生物组参考基因集中的单体基因
文章目录人类肠道和口腔微生物组中遗传基因全貌热心肠日报摘要主要结果表1. 文章中名词定义图1. 综合分析口腔和肠道微生物组图2.口腔和肠道微生物组的遗传多样性图3. 口腔和肠道微生物组的已知和未知功能多样性图4. 单体和非单体在肠道和口腔生态位中富集的功能图5. 单体分类群作为亚群特异性稀有菌株图6. 估计人类微生物组的基因含量总结Reference猜你喜欢写在后面人类肠道和口腔微生物组中遗传...原创 2019-08-22 13:08:24 · 1341 阅读 · 0 评论 -
NBT-新年4篇35分文章聚焦宏基因组研究
文章目录新年4篇35分文章聚焦宏基因组研究1. 超高速细菌基因组检索技术摘要序列搜索方法2. 宏基因组中设计全面可扩展探针捕获序列多样性摘要CATCH设计探针3. 1520个人类肠道可培养细菌基因组使微生物组功能分析成为可能摘要肠道细菌系统发育树4. 人类肠道细菌基因组和培养组用于改进的宏基因组分析摘要胃肠道细菌系统发育树Reference猜你喜欢写在后面新年4篇35分文章聚焦宏基因组研究N...原创 2019-02-10 23:20:17 · 1412 阅读 · 0 评论 -
过年了,少喝点酒,多喝点茶—绿茶不仅仅是你想的那么简单
文章目录过年了,少喝点酒,多喝点茶 | 绿茶不仅仅是你想的那么简单预防心血管疾病降低癌症风险保持口腔干净帮助你的大脑帮助减肥参考文献作者简介猜你喜欢写在后面过年了,少喝点酒,多喝点茶 | 绿茶不仅仅是你想的那么简单几个世纪以来,绿茶对健康的好处一直被反复提及。如今人们爱喝绿茶,一部分人是因为喜欢它的口感——虽然一杯苦涩的绿茶可能会让你一辈子都不想喝绿茶,但它的味道还是主要取决于它是如何制作的。...原创 2019-02-07 23:05:52 · 773 阅读 · 0 评论 -
Nature Methods:基于人工重组菌群数据的宏基因组的软件评估金标准
文章目录写在前面摘要图1. 基于标准数据集CAMI高度复杂数据集的组装结果图2. 基因组分箱结果纯度和完整度比较图3. 数据集的分析结果Reference猜你喜欢写在后面近年来宏基因组学快速发展,仍面临诸多挑战。虽然出现了大量软件,但缺少标准样品的评估体系,各软件的优缺点、适用范围至今没有系统的评价,用户使用中也极难选择。本研究不仅提出了当前计算宏基因组学的挑战,并对研究特定科学问题时软件选择提...原创 2019-01-11 14:52:55 · 1515 阅读 · 1 评论 -
宏基因组公众号征稿、招聘、转载、合作启事
文章目录宏基因组公众号征稿、招聘、转载、合作启事公众号简介征稿宏基因组分析一作解读文献阅读生信经验科普文章招聘、求职关于转载商业合作猜你喜欢写在后面宏基因组公众号征稿、招聘、转载、合作启事注:点击文中蓝色链接,查看相关类型文章参考格式和内容。公众号简介宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因...原创 2018-12-04 10:31:14 · 673 阅读 · 0 评论 -
2019微生物组—宏基因组分析专题研讨会
文章目录课程简介课程大纲一、分析平台搭建二、生信基础三、图表解读和绘制专题四、宏基因组学概述五、宏基因组学有参分析流程六、宏基因组无参分析流程七、高级分析与可视化实战学习完本课程,你能得到什么?主讲教师往期课程瞬间助教团队授课模式培训时间授课地点课程价格课程福利在广大粉丝的期待下,《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年3月22-24日,北京鼓楼推出《宏基因组分析》专题培训第三期,为大家提供一...原创 2018-11-22 07:52:07 · 2069 阅读 · 0 评论 -
NAR:gcMeta——全球微生物组数据存储和标准化分析平台
文章目录gcMeta全球微生物组数据存储和标准分析平台导读摘要正文图1.用户数据管理、分析及发布流程图2.数据库结构表1.平台内置工具图3.用户界面展示图4.gcMeta的工作流程图5.数据分析及可视化系统图6.系统结构中科院微生物所新闻稿Reference猜你喜欢写在后面gcMeta全球微生物组数据存储和标准分析平台gcMeta: a Global Catalogue of Metagen...原创 2018-11-10 16:50:38 · 3412 阅读 · 0 评论 -
Nature Method:HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成分析
文章目录HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成分析简介热心肠日报导读摘要主要图表图1. HUMAnN2分层式搜索在同类软件中准确率最高图2. 人类核心微生物组的贡献多样性图3. 海洋浮游生物界温跃层相关微生物的酶图4. HUMAnN2实现宏转录组定量和多组学整合总结Reference猜你喜欢写在后面HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成分析Species-level ...原创 2018-11-02 15:28:02 · 4051 阅读 · 0 评论 -
宏基因组学习交流5群成立
欢迎点击上方蓝色"宏基因组"关注我们!本文“宏基因组”原创,更多文章点我跳转公众号阅读宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。本公众号每日推送,工作日分享宏基因组领域科研思路、实验和分析技术,理论过硬实战强;周末科普和生活专栏,轻松读文看...原创 2018-10-27 20:46:22 · 880 阅读 · 0 评论 -
WebMGA:超快的基因组序列聚类注释在线工具
文章目录超快的基因组序列聚类注释在线工具WebMGA序列聚类cd-hit基因预测ORF prediction蛋白COG注释作者简介参考文献猜你喜欢写在后面超快的基因组序列聚类注释在线工具WebMGA撰文:周晗 中南大学审稿:刘永鑫 中科院遗传发育所(宏)基因组学是测序研究生物功能的新领域。如今测序技术一直在进步,成本也大幅下降,数据在大量增加,但数据分析是非常耗时的,并且(宏)基因组注释涉...原创 2019-03-30 21:00:54 · 4125 阅读 · 1 评论 -
NBT封面文章:水稻根系微生物组与氮肥利用效率关系(端午水稻专题)
文章目录中科院遗传发育所揭示籼粳稻根系微生物组与氮肥利用效率关系评论Reference作者简介白洋储成才张婧赢刘永鑫张娜猜你喜欢写在后面今天端午节,祝大家节日快乐!大家每年端午节都吃粽子,制作粽子的主要材料是糯米(一般南方称糯米,北方称江米)。水稻按亚种可主要分为籼稻和粳稻、按糯性可分为糯稻和非糯稻(糯性)。糯稻只是水稻中的一个变种,支链淀粉含量高,因此煮熟后粘度较高。下面这篇文章讲述了一个...原创 2019-06-06 14:53:03 · 3128 阅读 · 0 评论 -
metaSPAdes:新型多功能宏基因组拼接工具
文章目录metaSPAdes:新型多功能宏基因组拼接软件热心肠日报摘要结果metaSPAdes流程概述表1. 所有数据集和所有组装程序的支架总长度(以兆为单位)图1. 支架累计长度图表2. 预测基因大于800的数量和总长表3. 序列比对的比例图2. 评估20个菌群的人工合成群落表4. 序列比对的比例图3. 3个菌株分别和混合组装的de Bruijn图图4. 应用宏基因组学特定的决策规则进行重复序列...原创 2019-10-09 23:55:02 · 8519 阅读 · 0 评论 -
IDBA-UD:组装非均匀覆盖度的宏基因组和单细胞数据
文章目录IDBA-UD:用于深度非常不均匀的单细胞和宏基因组测序数据的组装软件热心肠日报摘要动机 Motivation结果 Results可用性 Availability方法图1. IDBA-UD的流程图图2. 在局部装配中重建缺失k-mer的示例图3. 通过迭代解决从k到k + 1的重复的示例结果表1. 模拟 *L.delbrueckii*(〜1.85 Mb)的100×长度为100且1%错误率读...原创 2019-10-09 22:18:46 · 4618 阅读 · 0 评论 -
Prodigal:原核基因识别和翻译起始位点鉴定
文章目录Prodigal:原核基因识别和翻译起始位点鉴定热心肠日报摘要背景结果结论实现 Implementation图1. Prodigal算法的伪代码方式描述表1. Prodigal中的动态规划连接类型表2. Prodigal中的Shine-Dalgarno RBS基序图2. 动态规划连接模式图结果与讨论 Results and Discussion表3. 基因预测效果表4. 与Genbank注...原创 2019-09-25 16:41:49 · 5932 阅读 · 1 评论 -
Prokka:快速原核基因组、宏基因组基因注释
文章目录Prokka:快速原核基因组注释热心肠日报摘要1 简介2 描述2.1 输入2.2 注释表1 Prokka使用的功能预测工具2.3 输出表2. 输出结果介绍3 结果表3. 比较大肠杆菌的注释结果扩展阅读猜你喜欢写在后面Prokka:快速原核基因组注释Prokka: rapid prokaryotic genome annotationBioinformatics, [4.531]2...原创 2019-09-25 14:44:41 · 15345 阅读 · 0 评论 -
MetaQuast:评估宏基因组拼接
文章目录MetaQuast:评估宏基因组拼接热心肠日报摘要1 背景2 材料和方法2.1 基于参考的评估2.2 从头评估2.3 根据读长比对细化装配错误2.3.1 SV检测2.3.2 组装错误分类2.4 可视化图1. 基于MetaHIT数据集的HTML格式报告部分截图结果Reference猜你喜欢写在后面MetaQuast:评估宏基因组拼接MetaQUAST: evaluation of me...原创 2019-09-24 19:33:55 · 4325 阅读 · 0 评论 -
Nature综述:鸟枪法宏基因组-从取样到数据分析——2万字带你系统入门宏基因组实验和分析
文章目录NBT:鸟枪法宏基因组-从取样到数据分析热心肠日报摘要正文图1. 宏基因组分析流程概述附图1. 用于规划宏基因组学研究的示例工作流程附框1. 实验设计中的问题和解决方案鸟枪法宏基因组学研究方案设计样本采集和DNA提取表1. 在测序之前富集微生物细胞和DNA方法的优点和局限性文库制备和测序宏基因组拼接表2. 基于已知成份的模拟群落评估宏基因组拼接表3. 不同环境宏基因组拼接的比较重叠群分箱图...原创 2019-09-17 18:37:56 · 21453 阅读 · 0 评论 -
MEGAHIT:多快好省的宏基因组装工具
文章目录MEGAHIT:通过简洁的de Bruijn图为超大型复杂宏基因组拼接的超快速单节点解决方案热心肠日报摘要主要结果图1. MEGAHIT工作流程表1. MEGAHIT和SPAdes在大肠杆菌数据集上的表现表2. MEGAHIT与Howe et al.和Minia组装结果比较表3. MEGAHIT与Howe et al.和Minia组装结果比对评估完整性4. 结论扩展阅读猜你喜欢写在后面...原创 2019-09-04 16:54:58 · 4552 阅读 · 0 评论 -
Kraken:使用精确比对的超快速宏基因组序列分类软件
文章目录Kraken:使用精确比对的超快速宏基因组序列分类热心肠日报摘要主要结果图1. Kraken序列分类算法图2. 基于三个模拟宏基因组的分类程序准确性和速度比较图3. 基于三个模拟宏基因组数据对Kraken变体的分类精度和速度比较图4. 由Kraken分类的唾液微生物组读数的分类学分布。图5. Kraken的数据库结构猜你喜欢写在后面Kraken:使用精确比对的超快速宏基因组序列分类K...原创 2019-09-04 16:50:07 · 8061 阅读 · 0 评论 -
Nature Methods:宏基因组物种组成分析工具MetaPhlAn2
文章目录宏基因组物种组成分析工具MetaPhlAn2导读主要结果图1:MetaPhlAn2可以准确地重建鸟枪法宏基因组的分类组成Reference扩展阅读猜你喜欢写在后面宏基因组物种组成分析工具MetaPhlAn2MetaPhlAn2 for enhanced metagenomic taxonomic profilingNature Methods [IF:28.467]2015-09...原创 2019-09-04 11:25:07 · 3630 阅读 · 0 评论 -
Microbiome:NGLess语言实现快速可重复分析宏基因组的流程NG-meta-profiler
文章目录NG-meta-profiler:使用NGLess(一种领域专用语言)快速处理宏基因组Peer Bork的介绍和相关文章日报摘要背景结果结论主要结果图1. NG-meta-profiler工作流程表1. NG-meta-profiler内置的参考基因集表2. NGLess内置的功能模块图2. NGLess与其它工具用时比较表3. 模拟数据结果质量图3. 用NGLess语言编写的人类微生物组...原创 2019-08-15 00:24:01 · 963 阅读 · 0 评论 -
NBT:牛瘤胃微生物组的参考基因组集
文章目录牛瘤胃微生物组的参考基因组集热心肠日报摘要主要结果图1. 来自牛瘤胃4,941个末培养和Hungate系列基因组的进化树图2. 末培养基因组与Hungate和发表数据比较图3. Illumina和nonopare宏基因组装统计数据比较图4. 预测碳水化合物代谢蛋白与CAZy数据库的相似度图5. 蛋白质的分类学和功能分布方法宏基因组的组装和分箱宏基因组分类基因组质量和比较基因组绵羊甲烷数据分...原创 2019-08-07 15:39:15 · 3858 阅读 · 0 评论 -
宏基因组 微生物组 微生态杂志简介及2019最新影响因子
文章目录综合类自然 Nature自然系统等级简介科学 Science细胞 Cell美国科学院院报 PNAS自然通迅 Nature CommunicationNature子刊自然生物技术 Nature Biotechnology自然方法 Nature Methods其它自然子刊微生物组领域宿主与微生物 Cell Host & Microbe自然微生物 Nature Microbiology微...原创 2019-06-21 04:13:17 · 7955 阅读 · 0 评论 -
淡水:21世纪的分子微生物生态学
文章目录淡水:21世纪的分子微生物生态学摘要原文信息1.研究背景2.微生物生态学简史3 .实例探究3.1 | qPCR-肯尼河流域的灾难性农药泄漏事故3.2 | 扩增子-厌氧氨氧化是淡水中重要的氮素流失途径3.3 |宏转录组学-淡水微生物的功能多样性4.分子微生物生态学的未来5.结论参考文献猜你喜欢写在后面撰文:黄朝 西北大学责编:刘永鑫 中科院遗传发育所淡水:21世纪的分子微生物生态学...原创 2019-06-09 13:13:21 · 1975 阅读 · 0 评论 -
Nature综述:人类微生物培养以及培养组学(Culturing the human microbiota and culturomics)
本文译者Wenzday,校稿宏基因组人类微生物培养以及培养组学Culturing the human microbiota and culturomicsJean- Christophe Lagier1, Grégory Dubourg1, Matthieu Million1, Frédéric Cadoret2,Melhem Bilen1,3, Florence Fenollar4, A...原创 2018-10-23 15:50:24 · 22655 阅读 · 0 评论 -
Microbiome:宏基因组分箱流程MetaWRAP分析实战和结果解读
文章目录MetaWRAP—a flexible pipeline for genome-resolved metagenomic data analysis分析实战0.下载肠道宏基因组数据1.read_qc质控和去宿主2. 组装3. kraken物种注释(可选)4. 三种方法Bin5.Bin提纯6. Blobology可视化bin7. Bin定量8.重组装9.bin物种注释10.Bin功能注释我们...原创 2018-10-17 10:02:06 · 25286 阅读 · 3 评论 -
EggNOG功能注释数据库在线和本地使用
文章目录COG简介eggNOG简介eggNOG mapper在线版eggNOG mapper本地版安装说明软件安装数据库下载基本使用HMMER方法diamond方法结果解读高级使用服务器共用内存模式宏基因组大数据模式同源检索功能注释附1. emapper.py参数详解Reference猜你喜欢写在后面COG简介COG(Clusters of Orthologous Groups of prot...原创 2018-10-18 12:39:26 · 63992 阅读 · 1 评论