基于ubuntu 22.04环境安装NEURON仿真器

因为我是在容器中配置的环境，所以没有用到sudo权限，如果是自己的机器的话，需要用

1.生成新的docker容器

docker run -it ubuntu:latest /bin/bash

生成的新容器名：

2.容器中安装

（1）安装依赖

pip缺失

先更新：

apt update
apt install python3 python3-pip

验证：

安装包

apt-get install -y bison cmake flex git \
     libncurses-dev libopenmpi-dev libx11-dev \
     libxcomposite-dev openmpi-bin python3-dev
pip install scipy numpy cython

（2）安装neuron

（3）源码安装

git clone https://github.com/neuronsimulator/nrn

我下载的时候速度只有60kB/s，可能是镜像源的问题，修改一下镜像源再试试。

**遇到了下载过慢的问题

修改镜像源

清华大学镜像网站：ubuntu | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirror

查看ubuntu版本：

lsb_release -a

如果提示bash: lsb_release: command not found，则使用apt install lsb-release安装lsb_release。

查看源：cat /etc/apt/sources.list

备份源：sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.back

修改sources.list文件：vim /etc/apt/sources.list

按照版本粘贴内容：

更新：

apt-get update

实际更换后并没有什么用，所以最后使用了gitee中的版本下载链接。

git clone https://gitee.com/TiffanytorinoHe/nrn.git

（4）安装NEURON仿真器

然后下载完成后提示一个新的目录nrn/，执行：

cd nrn/
pip install -r nrn_requirements.txt

其中会下载nrn_requirements.txt中需要的依赖项，时间大概3-5分钟。

cmake .. \
 -DNRN_ENABLE_INTERVIEWS=OFF \
 -DNRN_ENABLE_MPI=OFF \
 -DNRN_ENABLE_RX3D=OFF \
 -DPYTHON_EXECUTABLE=$(which python3)

（5）编译

然后在build目录中编译：

cmake --build . --parallel 8 --target install

导入系统路径：

export PATH=/path/to/install/directory/bin:$PATH
export PYTHONPATH=/path/to/install/directory/lib/python:$PYTHONPATH

（6）测试

python
import neuron
print(neuron.__version__)