一个提取lammps的log文件中的数据并绘图的python程序

最新推荐文章于 2024-11-17 15:02:30 发布

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分类专栏： python lammps 文章标签： python lammps

本文链接：https://blog.csdn.net/zxylv/article/details/107778656

本文介绍了一个Python程序，用于提取LAMMPS模拟的log文件中的数据并进行可视化。程序中涉及到log文件的格式分析，包括正则匹配数据行，并给出了程序的使用说明，涉及文件名、跳过步骤、最大行数、正则表达式等关键参数的调整，以及绘图的相关设置。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

1. 程序及结果

1.1 程序

# -*- coding:utf-8 -*-
import re
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt


file_name= "log.lammps"                        # log 文件名
jump_step= 20                                  # 需要跳过的step数，主要用于忽略势能最小化或弛豫产生的输出数据
max_lines= 1000000                             # 最大行数，无严格要求，大于可能的数据行数即可



# 正则匹配输出参数，有几个参数输出就有几个  "\s+[0-9\.]+",例如输出数据的某一行为：
#       step      temp      temp_water     press           vol     atoms     
#      140    124.88839    301.79223    465752.06      1200000     6680 
# 则可以使用以下正则：
patten= r'(\s+[0-9\.]+\s+[0-9\.]+\s+[0-9\.]+\s+[0-9\.]+\s+[0-9\.]+\s+[0-9\.]+)'

f = open(file_name,"r")
data = np.zeros((6,max_lines))

count=-1
for i in range(1,max_lines):
    line = f.readline()
    #print(line)
    if re.match(r'(Total wall)', line) != None:
        break
    match= re.match(patten, line)
    if match != None:
        # print(match.groups())
        count= count+ 1
        match= re.findal