【经验】cryosparc使用踩雷记录

资源分类：Python库 所属语言：Python 资源全名：scipion-em-cryosparc2-1.0.9.tar.gz 资源来源：官方 安装方法：https://lanzao.blog.csdn.net/article/details/101784059

cs2star.py 一个简单的实用程序，可以将csparc2star.py环绕csparc2star.py ，将Cryosparc JOB目录中的粒子位置转换为可用于RELION的目录。 除了csparc2star.py已经执行的操作之外，此脚本csparc2star.py自动符号链接（或复制） .mrc文件，将其重命名为mrcs并更新rlnMicrographName列以反映更改。 安装 该软件包需要 ，该名称在pip上不可用。 手动安装： git clone https://github.com/asarnow/pyem.git cd pyem pip install -e . 用法 cs2star cryosparc_job_dir [dest_dir] 还有其他两个选项，请使用-h查看帮助页面。

适用于CryoEM软件的Spack pacakge回购 它包含一组用于通用cryo-em软件的spack程序包。 入门 安装spack： mkdir /opt/spack cd /opt/spack git clone https://github.com/LLNL/spack.git /opt/spack 克隆此仓库 cd /opt/spack/var/spack/repos/ git clone https://github.com/slaclab/slac-cryoem-spack.git 注册回购 /opt/spack/bin/spack repo add /opt/spack/var/spack/repos/slac-cryoem-spack

we pwem是Scipion框架的Python模块，用于电子显微镜中的图像处理 整个系列均根据GNU公共许可证第3版（GPLv3）的条款获得许可。 发展 出于开发目的安装pwem ，可以执行以下操作： # Create a clean virtual environment python -m venv ~/myenv source ~/myenv/bin/activate git clone [email protected]:scipion-em/scipion-em.git cd scipion-em python -m pip install -e . # Install in the environment as development 运行测试 首先，请确保在您当前的Python环境中， pwem可作为Python模块使用。 在开发过程中，我倾向于设置PYTHONPATH：