GROMACS 分子模拟使用

loong_XL

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分类专栏： CADD/AIDD 文章标签：分子模拟

于 2022-12-04 23:58:34 首次发布

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本文介绍了使用GROMACS进行分子模拟的详细步骤，包括从下载pdb文件、去除水分子，到生成拓扑文件，定义单位盒子填充溶剂，添加离子，能量最小化，以及最后的分析过程。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

参考：
http://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/
https://jerkwin.github.io/

流程图

在这里插入图片描述

在这里插入图片描述

GROMACS 分子模拟使用

1、下载pdb、及去掉水分子

wget http://www.rcsb.org/pdb/files/1AKI.pdb

grep -v HOH 1AKI.pdb>1AKI_clean<

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