ChIP-seqanalysispipeline资源-CSDN下载

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ChIP-Seq-pipeline:用于ChIP-Seq分析的管道

ChIP-Seq分析管道（ChAP）介绍该ChIP-Seq肛门分析管道（ChAP）将允许您对配对末端的ChIP-Seq NGS数据进行逐步分析。它可以采用单端或双端NGS数据。软件依赖项安装要下载存储库（在/ home中的任何位置）： git clone https://github.com/niekwit/ChIP-Seq-pipeline.git 除了Picard（可以将

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编译原理循环语句语法语义分析

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循环语句语法语义分析，DO-while语句采用LR分析法进行设计的，其中输出中间代码以四元式的形式输出。详细的分析过程

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递归下降语法分析课程设计

考虑以下的文法G[lexp]： lexp →NUMBER| ( op lexp-seq ) op →+ | - |  lexp -seq → lexp-seq lexp|lexp 该文法表示类似LISP前缀格式中的简单整型算术表达式。例如，表达式34 - 3 * 42在该文法中写作(- 34 (* 3 42))。

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RNA -seq Intro

很好的ngs入门简介，介绍了RNA-seq

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MSPC：使用来自重复样本的综合证据评估ChIP-seq峰

| | 关于 ChIP-seq样品的分析输出许多富集区域，每个富集区域指示蛋白质与DNA的相互作用或特定的染色质修饰。当读取的分布与背景显着不同且其对应的显着性度量（p值）低于用户定义的阈值时，将调用富集区域（通常称为“峰值”）。当分析重复样品时，预期会有重叠的富集区域。因此，可以将这种重复的证据用于局部降低接受峰所需的最低显着性。在这里，我们提出了一种联合分析弱峰的方法。给定一组来

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递归下降语法分析

实验要求： • 识别下列文法表达式 • E->E+T|T • T->T*F|F • F->(E)|i • 任选一种程序设计语言，编写递归下降语法分析程序，要求输入一个字符串，输出它是否该文法的句子。

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trna-chip-pipeline:用于tRNA数据的上游ChIP-seq分析管道

项目结构说明 run.sh 运行管道的主要入口点。 process-single-job.sh 该脚本对于每个库仅运行一次。它在该库上运行整个分析管道。 TODO ：这仅允许单个线性依赖项。考虑使用复制或后台库的高峰调用者。目前，使用此管道是不可行的。 tools/ 各个工具的文件夹。每个工具都有两个参数，输入名称和输出名称。这些是“原始”文件名，这意味着它们可能必须在工具中附加

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ChIP-seq-analysis:明堂的ChIP-seq分析笔记

芯片序列分析 Snakemake管道我开发了一个基于Snakemake的ChIP-seq管道：。和ATACseq管道： ChIP-seq的资源：：来自ENCODE的元数据的汇编。一个bioc包，用于访问ENCODE的元数据并下载原始文件。论文：。序列为.sra格式，需要使用sratools转储到fastq中。。序列以fastq格式提供。用于核小体定位和TF ChI

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Basic-RNAseq-analysis-pipeline:本指南旨在演示RNA-seq分析流程以及差异基因表达检测背后的基础统计分析

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ChIP-AP:染色质免疫沉淀测序分析管线

芯片 CH romatin我mmuno P recipitation测序nalysis P ipeline 本质上简单的ChIP-Seq分析由Jeremiah Suryatenggara和Mahmoud A.Bassal开发介绍 ChIP-Seq是一种用于分析蛋白质-DNA相互作用并鉴定所述蛋白质的结合位点的技术。生物信息学分析中的关键步骤是调用“峰”或富集区域，对应于蛋白质与DNA的结

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Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)

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生物信息学数据分析 chip-seq

在生物信息学领域，CHIP-Seq（Chromatin ImmunoPrecipitation followed by high-throughput Sequencing，染色质免疫沉淀结合高通量测序）是一种广泛使用的实验技术，用于研究蛋白质-DNA相互作用，特别是转录因子和组...

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ChIP-seq数据分析.pdf

ChIP-seq 数据分析 ChIP-seq（Chromatin Immunoprecipitation sequencing）是一种高通量的表观遗传学实验技术，用于研究蛋白质与 DNA 的相互作用。该技术通过结合特异性抗体，捕获与蛋白质结合的 DNA 片段，然后...

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基于Python的ChIP-seq分析设计源码分享：Tommy Tang笔记解析

ChIP-seq（染色质免疫沉淀结合高通量测序）是一种用于研究DNA-蛋白质相互作用的实验技术，特别是在基因组范围内的转录因子结合位点分析中。Python作为一门广泛应用于数据科学领域的编程语言，因其丰富的库和简便的...

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RNA-seq Data Analysis a practical approach.zip

在本资源"RNA-seq Data Analysis a practical approach.zip"中，包含了一个PDF文档，该文档详细介绍了如何进行RNA-seq数据的处理、分析以及解释。下面我们将深入探讨RNA-seq的基本概念、分析流程以及使用R语言和...

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hic-bench:一组用于Hi-C和ChIP-Seq分析的管道

《hic-bench：高效分析Hi-C与ChIP-Seq数据的工具集》在现代生物学研究中，Hi-C和ChIP-Seq技术已经成为探索基因组结构和功能的重要手段。Hi-C技术通过检测DNA分子间的相互作用，揭示了染色质三维结构；而ChIP-Seq则...

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ChIP-Seq:用于处理和分析 ChIP-Seq 数据的其他脚本

芯片序列该存储库包括用于处理和分析 ChIP-Seq 数据的脚本。bed2frip.sh 用于计算床格式中给定峰轮廓的读数分数 (FRiP) 的脚本。有关此质量指标的其他信息，请参阅： ENCODE 和 modENCODE 联盟的 ChIP-seq 指南和...

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ChiP-Seq-Analysis-Replication：该项目是ChiP-Seq分析的复制，该实验是关于由独特的表观遗传变化介导的终末红细胞生成过程中的基因诱导和抑制的实验

ChiP-Seq-分析-复制该项目是ChiP-Seq分析的复制，该实验是关于由独特表观遗传变化介导的终末红细胞生成过程中基因诱导和抑制的实验的你可以在找到研究项目数据使用了来自项目数据的以下样本：样品名称 GEO加入...

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Chip-seq流程全解，本人博客对应的相关文件

### Chip-seq流程全解 #### 一、实验目的与背景 Chip-seq技术作为一种重要的高通量测序技术，在生物学研究中占有举足轻重的地位。它主要用于研究蛋白质-DNA相互作用，如转录因子结合位点的定位、组蛋白修饰区域的...

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MACS:MACS-ChIP-Seq的基于模型的分析

MACS：ChIP-Seq的基于模型的分析最新发布： Github： PyPI： Bioconda： Debian Med：介绍随着测序技术的改进，染色质免疫沉淀后再进行高通量测序（ChIP-Seq）成为研究全基因组蛋白质-DNA相互作用的工具。 ...

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BRACIL:ChIP-seq分析工具-开源

**BRACIL：ChIP-seq分析工具** BRACIL，全称为“结合分辨率放大器和合作互动定位器”，是一款专为ChIP-seq（染色质免疫沉淀测序）数据设计的开源分析工具。ChIP-seq技术是生物学领域中用于识别DNA与蛋白质相互作用...

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spp:SPP-R软件包，用于分析ChIP-seq和其他功能测序数据

ChIP-seq处理管道用于分析ChIP-seq和其他功能测序数据的软件包。有关详细信息，请参见。要求安装了R（> = 3.3.0）的Unix风格的OS。安装由于版本1.15.4 spp在上可用，因此可以使用以下命令进行安装 install....

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CHANCE-HT:ChIP-seq 数据预处理软件-开源

CHANCE-HT 是一种 ChIP-seq 预处理软件，可过滤 IP 强度较弱的样本，识别严重偏向的对照实验和测序样本不足，检测批次效应，并对大型 ChIP-seq 数据集进行归一化。 CHANCE-HT 使用并行处理方法来规范化和过滤大量 ...

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通过整合ChIP-seq和RNA-seq数据揭示跨细胞系的转录因子和组蛋白修饰共定位和动态

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### 通过整合ChIP-seq和RNA-seq数据揭示跨细胞系的转录因子和组蛋白修饰共定位和动态 #### 背景与意义转录因子（Transcription Factors, TFs）和组蛋白修饰（Histone Modifications, HMs）在基因表达调控中扮演着...

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DROMPAplus：ChIP-seq管道工具，用于对多个ChIP-seq样本进行质量检查，标准化，统计分析和可视化

DROMPA（DRaw和观察多种浓缩曲线和注释）是一种ChIP-seq管道工具，可满足各种需求，包括质量检查，分析和多个ChIP样品的可视化。 DROMPAplus用C ++编写，具有许多有价值的功能。 DROMPAplus：接受多种地图文件...

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RNA-seq Data Analysis

RNA-seq（RNA测序）是一种高通量测序技术，它允许研究人员分析整个转录组。通过RNA-seq，我们可以鉴定和量化样本中所有转录本的信息，包括已知和未知的基因，以及它们的变异、可变剪接和其他表达模式。RNA-seq数据的...

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RNA-Seq-Pipeline:用 Python 编写的 RNA-Seq 管道

rnaSeqPipelineGLBRC.py 目的： Implementation of the Gasch lab RNA-Seq pipeline.输入： A text file with RNA-Seq fastq files to be processed.请使用专用目录来运行管道。创建您的目录并将您的 fastq 文件...

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RNAseq_ChIPseq_course:使用PAF1 Cell 2015进行RNA-seq和ChIP-seq数据分析简介

RNA-seq和ChIP-seq数据分析：课程资料数据和会话设置资料呈现会话设置序列，注释和索引基因组序列（fasta）注释（GTF文件）： STAR指数 Bowtie2指数笔录序列原始数据（读取） RNA序列原始读取-质量控制-...

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QChIPat：一种定量方法，可在不同实验条件下鉴定两种生物ChIP-seq样品的独特结合模式

标题“QChIPat：一种定量方法，可在不同实验条件下鉴定两种生物ChIP-seq样品的独特结合模式”中揭示了一个重要的生物信息学领域的研究进展。ChIP-seq（染色质免疫沉淀测序）是一种用于检测蛋白质与DNA相互作用的实验...

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RNA-seq数据分析实用方法(2015)

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### RNA-seq数据分析实用方法(2015)——概览与核心知识点 #### 核心知识点概述《RNA-seq数据分析实用方法》是一本针对RNA-seq技术的数据分析指南，该书涵盖了从数据获取、预处理到生物信息学分析等各个环节的方法...

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