matlab大津法二值化代码-MIBI_pre-processing_pipeline:此存储库用于MIBI数据预处理，是Ker...

matlab大津法二值化代码多重离子束成像预处理工具-Python版本 该工具用于多路离子束成像（MIBI）数据预处理，代表的原始MATLAB版本（）的Python 3实现。 检查代码文件夹中的，以查看用法示例。 预处理管线包括背景扣除，噪声去除和聚集体去除。 此工具中使用的软件包版本：scikit-learn == 0.21.2 Pillow == 6.0.0 pandas == 0.24.2 numpy == 1.16.0 matplotlib == 3.1.0 scikit-image == 0.16.2 scipy == 1.2.1 最后更新：2019.11.03 例子 背景扣除： MIBI图像中所有通道的背景与空白通道非常相似，通常位于幻灯片上的空白区域。 如果不仔细处理，则该噪声会掩盖数据中的信号。 首先，我们将空白通道（无抗体，通常质量为128-132）定义为背景通道。 然后，使用具有3个像素半径的高斯核对背景图像进行平滑处理，并使用阈值化方法将背景图像掩盖为二进制图像。 然后，将其他通道中的所有信号减去两个计数，最后，我们将负计数恢复为0。某些通道具有特殊的背景噪声，通