simple-v-microbiome:我发现对微生物组分析有帮助的脚本

单纯v型微生物组 这些脚本有助于仅从bash脚本运行分析 trim_to_exact_level.py 将此脚本与类的输出 这会将输出调整到您选择的确切水平 热图 从命令行使用此选项使用您选择的一个类别制作热图 使用随附的transpose.py的输出 add_metadata.py 使用此功能将元数据添加到tsv otu表中，而无需修改功能 需要tsv格式的otu表（顶行为示例ID） fastq_barcode_primer_checker.py 使用它来检查您的条形码和引物是否看起来与fastq文件匹配 我从SRA提取fastq文件，条形码和底漆时会用到它，因为我不确定所有输入是否正确 它将输出一个新的映射文件，其条形码和引物的比例值完全匹配 如果某个样品以指定比例匹配其条形码，它将打印警告[默认值：0.5] fix_after_qiimeToMaaslin.py 当qii