tenx:用于分析10倍单细胞RNA测序数据的管道

x 一组Python3管道，这些管道调用R和Python3脚本来分析使用10x Genomics平台生成的数据。 这些管线基于10x的和进行映射和定量。 目前，下游分析依赖于和，并利用了社区中许多出色的工具，包括 ， ， ， ， （用于扩散图）， ， 和 （用于速度分析） ）。 还支持自动导出实例。 对于表示集分析的基因集，管道使用了定制的R包 ，该包也可以。 管道正在积极开发中，应视为“测试版”软件-使用后果自负！ 更新5/11/2020 请注意，“ pipeline_seurat.py”已重命名为“ pipeline_scxl.py”，以更好地反映过去几年来它演变为使用的多样化工具链，以及最近对其进行重构以支持大规模数据集分析的情况。 默认情况下，pipeline_scxl.py使用HNSW算法计算最近的邻居，并在使用Seurat进行标记分析之前使用scanpy进