Biopython | 计算蛋白质的接触图(contact map)

最新推荐文章于 2025-05-30 11:10:22 发布

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分类专栏： Life Sciences.AI 文章标签：矩阵 python 生物信息学 contact map 蛋白接触图

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本文介绍了如何使用Biopython来计算蛋白质的接触图，即contact map。接触图通过二维矩阵展示三维结构中氨基酸残基对间的距离，是生物信息学研究的重要工具。文章详细讲解了计算和绘制contact map的步骤，包括导入相关库、定义坐标提取和计算函数。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

contact map

蛋白质接触图使用二元二维矩阵表示三维蛋白质结构的所有可能的氨基酸残基对之间的距离。

计算contact map

导入库

import pandas as pd
import numpy as np
from Bio import SeqIO
import matplotlib.pyplot as plt
import requests 
from sklearn.metrics import pairwise_distances
%matplotlib inline

定义坐标提取函数

def get_ca_coords(pdb='1LUC', chain='A'):
    
    url = f'https://files.rcsb.org/download/{pdb}.pdb'
    r = requests.get(url)
    r.raise_for_status()
    
    lines = r.text.splitlines()

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