RDKit(2023.09.1 )环系统模板

最新推荐文章于 2024-07-01 16:24:55 发布

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分类专栏： RDKit | 化学信息学与AI 文章标签： python RDKit 化学信息学

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本文主要介绍了在Python 3.9环境中利用RDKit 2023.09.1版本进行化学信息学研究，特别是针对环系统的操作和分析。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

环境

Python 3.9
RDKit 2023.09.1

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import rdDepictor
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole

IPythonConsole.ipython_useSVG=True
%matplotlib inline
import rdkit
print(rdkit.__version__)

2023.09.1

mol = Chem.MolFromSmiles("NC(CCC1CCC2C(C1)C1CCN2NN1)CC(=O)CCC1=CCCC2CCCCC2CCCCC2CCCC(CCCCCCC1)C2")
mol_with_templates = Chem.Mol(mol)

# use rdkit native coordinate generation
rdDepictor.SetPreferCoordGen(False)
rdDepictor.Compute2DCoords(mol)

# the first time you call this, 
rdDepictor.Compute2DCoords(mol_with_templates, useRingTemplates=Tru

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