El diseño físico de la base de datos describe la implementación de la base de datos en la memoria secundaria, incluyendo las estructuras de almacenamiento y métodos de acceso a los datos. Esto implica traducir el esquema lógico a uno implementable por el SGBD, diseñar las relaciones base, considerar índices y redundancias, y estimar el espacio en disco necesario. La seguridad y el rendimiento también se tienen en cuenta en este paso.