Los microorganismos son seres vivos microscópicos que se encuentran en el suelo, plantas, aire, organismos vivos y agua. Pueden desarrollarse en alimentos que les proveen nutrientes y humedad. Algunos microorganismos como norovirus, hepatitis A, Clostridium perfringens y adenovirus son patógenos que causan enfermedades transmitidas por alimentos debido a contaminación o condiciones inadecuadas de preparación y almacenamiento. Otros microorganismos son indispensables en nuestro organismo y la naturale