Las malformaciones del útero o la vagina se explican por alteraciones en la fusión o regresión de los conductos müllerianos durante la embriogénesis. Estas anomalías van desde tabiques uterinos hasta úteros dobles y pueden estar asociadas a malformaciones renales. Del mismo modo, las alteraciones de los genitales masculinos como la criptorquidia, epispadias y micropene se deben a fallos en el descenso testicular y en el desarrollo adecuado de la uretra y el pene.